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Yorodumi- PDB-2h28: Crystal structure of YeeU from E. coli. Northeast Structural Geno... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2h28 | ||||||
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Title | Crystal structure of YeeU from E. coli. Northeast Structural Genomics target ER304 | ||||||
Components | Hypothetical protein yeeU | ||||||
Keywords | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / ER304 / E. coli / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG | ||||||
Function / homology | Function and homology information positive regulation of cytoskeleton organization / cytoskeletal protein binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Arbing, M. / Su, M. / Benach, J. / Karpowich, N.K. / Jiang, M. / Xiao, R. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Chen, C.X. / Acton, T.B. ...Arbing, M. / Su, M. / Benach, J. / Karpowich, N.K. / Jiang, M. / Xiao, R. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Chen, C.X. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
Citation | Journal: Structure / Year: 2010 Title: Crystal Structures of Phd-Doc, HigA, and YeeU Establish Multiple Evolutionary Links between Microbial Growth-Regulating Toxin-Antitoxin Systems. Authors: Arbing, M.A. / Handelman, S.K. / Kuzin, A.P. / Verdon, G. / Wang, C. / Su, M. / Rothenbacher, F.P. / Abashidze, M. / Liu, M. / Hurley, J.M. / Xiao, R. / Acton, T. / Inouye, M. / Montelione, ...Authors: Arbing, M.A. / Handelman, S.K. / Kuzin, A.P. / Verdon, G. / Wang, C. / Su, M. / Rothenbacher, F.P. / Abashidze, M. / Liu, M. / Hurley, J.M. / Xiao, R. / Acton, T. / Inouye, M. / Montelione, G.T. / Woychik, N.A. / Hunt, J.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2h28.cif.gz | 55.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2h28.ent.gz | 42.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2h28.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2h28_validation.pdf.gz | 446.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2h28_full_validation.pdf.gz | 450.9 KB | Display | |
Data in XML | 2h28_validation.xml.gz | 11.6 KB | Display | |
Data in CIF | 2h28_validation.cif.gz | 15.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/2h28 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/2h28 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2ictC 2inwC 3kh2C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 14957.291 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Strain: K12 MG1655 / Gene: yeeU / Plasmid: pET21 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)+ Magic / References: UniProt: P76364 #2: Chemical | ChemComp-CL / | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.39 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: under oil / pH: 7 Details: MOPS, 0.1M MgSO4, 20% PEG 4000, pH 7.0, Under oil, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X4A / Wavelength: 0.97901 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Mar 15, 2006 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97901 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 2.2 % / Av σ(I) over netI: 12.3 / Number: 79229 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 1.38 / D res high: 2 Å / D res low: 100 Å / Num. obs: 35928 / % possible obs: 96.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2→100 Å / Num. all: 35928 / Num. obs: 35928 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 1.381 / Net I/σ(I): 12.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2→2.02 Å / Redundancy: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.515 / Num. unique all: 836 / Χ2: 0.858 / % possible all: 87.3 |
-Phasing
Phasing | Method: SAD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing dm | FOM : 0.55 / FOM acentric: 0.55 / FOM centric: 0.61 / Reflection: 15362 / Reflection acentric: 14411 / Reflection centric: 951 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.1→40 Å / σ(F): 2 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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Solvent computation | Bsol: 63.02 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 46.833 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→40 Å
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Refine LS restraints |
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Xplor file |
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