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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gz6 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Of Anabaena sp. CH1 N-acetyl-D-glucosamine 2-epimerase At 2.0 A | ||||||
要素 | N-acetyl-D-glucosamine 2-epimerase | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / N-acetyl-D-glucosamine 2-epimerase / Anabaena sp. CH1 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Anabaena sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, W.C. / Wu, H.M. / Chang, Y.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007 タイトル: The Central Cavity from the (Alpha/Alpha)(6) Barrel Structure of Anabaena sp. CH1 N-Acetyl-d-glucosamine 2-Epimerase Contains Two Key Histidine Residues for Reversible Conversion. 著者: Lee, Y.C. / Wu, H.M. / Chang, Y.N. / Wang, W.C. / Hsu, W.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2gz6.cif.gz | 177.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2gz6.ent.gz | 141 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2gz6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/2gz6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/2gz6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1fp3S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45108.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anabaena sp. (バクテリア) / 株: CH1 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: A4UA16, mannose-6-phosphate isomerase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.61 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: Sodium Citrate, PEG3350, tert-butanol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年10月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. obs: 57135 / % possible obs: 99.7 % |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1FP3 解像度: 2→24.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 3.901 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.885 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→24.82 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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