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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gw9 | ||||||
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タイトル | High-resolution solution structure of the mouse defensin Cryptdin4 | ||||||
要素 | Defensin-related cryptdin 4 | ||||||
キーワード | ANTIBIOTIC (抗生物質) / triple stranded beta sheet / beta hairpin (Βヘアピン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pore-forming activity / disruption of plasma membrane integrity in another organism / アズール顆粒 / 小胞 / innate immune response in mucosa / phospholipid binding / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / killing of cells of another organism / cellular response to lipopolysaccharide ...pore-forming activity / disruption of plasma membrane integrity in another organism / アズール顆粒 / 小胞 / innate immune response in mucosa / phospholipid binding / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / killing of cells of another organism / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / protein homodimerization activity / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / Simulated annealing using torsion angle dynamics, refinement in explicit solvent using Cartesian dynamics within CNS. | ||||||
データ登録者 | Rosengren, K.J. / Craik, D.J. / Vogel, H.J. / Daly, N.L. / Ouellette, A.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006 タイトル: Structural and functional characterization of the conserved salt bridge in mammalian paneth cell alpha-defensins: solution structures of mouse CRYPTDIN-4 and (E15D)-CRYPTDIN-4. 著者: Rosengren, K.J. / Daly, N.L. / Fornander, L.M. / Shirafuji, Y. / Qu, X. / Vogel, H.J. / Ouellette, A.J. / Craik, D.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2gw9.cif.gz | 204 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2gw9.ent.gz | 177.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2gw9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/2gw9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/2gw9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3771.609 Da / 分子数: 1 / 断片: Cryptdin4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Defcr4 / プラスミド: PET-28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-CODON-PLUS-RIL / 参照: UniProt: P28311 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques. |
-試料調製
詳細 |
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試料状態 |
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-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz |
-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: Simulated annealing using torsion angle dynamics, refinement in explicit solvent using Cartesian dynamics within CNS. ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |