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万見
- PDB-2gt9: Human Class I MHC HLA-A2 in complex with the decameric Melan-A/MA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gt9
タイトルHuman Class I MHC HLA-A2 in complex with the decameric Melan-A/MART-1(26-35) peptide
要素
  • Beta-2-microglobulinΒ2-ミクログロブリン
  • HLA class I histocompatibility antigen
  • Melan-A/MART-1(26-35) peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Melan-A/MART-1 peptide / decapeptide (ペプチド) / MHC classI / HLA-A2 / melanoma (悪性黒色腫) / cancer vaccines (がんワクチン)
機能・相同性
機能・相同性情報


T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / endoplasmic reticulum exit site ...T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / beta-2-microglobulin binding / detection of bacterium / T cell receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ゴルジ体 / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / cellular response to iron ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of type II interferon production / Interferon alpha/beta signaling / メラノソーム / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell differentiation in thymus / T cell receptor signaling pathway / ER-Phagosome pathway / iron ion transport / early endosome membrane / protein refolding / antibacterial humoral response / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / 免疫応答 / Amyloid fiber formation / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / 小胞体 / ゴルジ体 / signaling receptor binding / focal adhesion / 自然免疫系 / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / ゴルジ体
類似検索 - 分子機能
Protein melan-A / Protein melan-A / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like ...Protein melan-A / Protein melan-A / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Β2-ミクログロブリン / Melanoma antigen recognized by T-cells 1 / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Borbulevych, O.Y. / Baker, B.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structures of MART-1(26/27-35) Peptide/HLA-A2 Complexes Reveal a Remarkable Disconnect between Antigen Structural Homology and T Cell Recognition
著者: Borbulevych, O.Y. / Insaidoo, F.K. / Baxter, T.K. / Powell, D.J. / Johnson, L.A. / Restifo, N.P. / Baker, B.M.
履歴
登録2006年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: Melan-A/MART-1(26-35) peptide
D: HLA class I histocompatibility antigen
E: Beta-2-microglobulin
F: Melan-A/MART-1(26-35) peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,86013
ポリマ－89,3536
非ポリマー5067
水14,034779
1
A: HLA class I histocompatibility antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: Melan-A/MART-1(26-35) peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8846
ポリマ－44,6773
非ポリマー2073
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5040 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area18800 Å2
手法PISA
2
D: HLA class I histocompatibility antigen
E: Beta-2-microglobulin
F: Melan-A/MART-1(26-35) peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9767
ポリマ－44,6773
非ポリマー2994
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5310 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area18690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.340, 84.179, 84.061
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.08, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22E

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPGLUAA183 - 275183 - 275
21ASPGLUDD183 - 275183 - 275
12METMETBB0 - 991 - 100
22METMETEE0 - 991 - 100

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen / MHC class I antigen A*2


分子量: 31854.203 Da / 分子数: 2
断片: Human class I major histocompatibility complex, heavy chain (Residues 25-299)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / プラスミド: pHN1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9TQH5, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Β2-ミクログロブリン


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 断片: Beta-2-microglobulin (Residues 21-119) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M / プラスミド: pHN1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P61769

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質・ペプチド Melan-A/MART-1(26-35) peptide


分子量: 943.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Chemically synthesized. Occurs naturally in homo sapiens (Humans)
参照: UniProt: Q16655

-
非ポリマー , 3種, 786分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 779 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.74 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG3350 24%, MES 0.025M, NaCl 0.1M, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月22日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→20 Å / Num. all: 82489 / Num. obs: 78282 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 15.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.363 / Mean I/σ(I) obs: 2.32 / Num. unique all: 5861 / % possible all: 71.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
Blu-Ice(GM/CA)データ収集
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 4.774 / SU ML: 0.079 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21333 3900 5 %RANDOM
Rwork0.17136 ---
obs0.17347 74349 94.93 %-
all-82428 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.146 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.49 Å20 Å20.35 Å2
2--1.05 Å20 Å2
3----0.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6300 0 32 779 7111
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0216539
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6361.9258857
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2025764
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.02423.209349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.421151065
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1221556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2905
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025112
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1560.082863
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.54370
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1850.51112
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0740.51
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1290.0859
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2140.572
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9041.53845
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.64926193
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.81332847
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4954.52664
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A749medium positional0.150.5
2B833medium positional0.210.5
1A749medium thermal0.732
2B833medium thermal0.712
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.791 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 191 -
Rwork0.222 4041 -
obs--70.07 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.971-0.1313-0.99980.3239-0.19551.6361-0.0336-0.1671-0.05930.06670.0274-0.02310.03290.00590.0062-0.0495-0.0164-0.0249-0.05560.009-0.065524.1122-2.91835.3815
21.70790.4110.86951.01660.68413.12120.0150.0381-0.1177-0.03870.0343-0.00960.1394-0.0098-0.0493-0.06580.0073-0.0078-0.10660.0125-0.0806-6.8488-6.090319.0258
33.6346-0.4808-0.53811.25170.11591.36560.0674-0.02410.31380.0467-0.02980.0295-0.1569-0.0728-0.0376-0.045-0.00460.0135-0.1001-0.0127-0.07093.336611.910527.1484
41.9928-0.14910.71040.47840.18181.6134-0.0273-0.19560.11060.06620.01620.0392-0.00410.06360.0111-0.054-0.00910.0184-0.0562-0.0188-0.0525.1211-37.552620.2979
52.16110.294-1.56840.9284-0.43113.71030.06030.05020.1642-0.07830.0145-0.0082-0.1216-0.0593-0.0748-0.06160.0065-0.0027-0.0936-0.0169-0.071936.0952-34.39063.7834
63.3421-0.6470.68781.5634-0.0791.46140.0159-0.1045-0.20110.0478-0.0143-0.04150.09930.1236-0.0017-0.0651-0.0115-0.0014-0.0650.0152-0.0826.1009-52.327411.9784
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1821 - 182
2X-RAY DIFFRACTION1CC0 - 91 - 10
3X-RAY DIFFRACTION2AA183 - 275183 - 275
4X-RAY DIFFRACTION3BB0 - 991 - 100
5X-RAY DIFFRACTION4DD1 - 1821 - 182
6X-RAY DIFFRACTION4FF0 - 91 - 10
7X-RAY DIFFRACTION5DD183 - 275183 - 275
8X-RAY DIFFRACTION6EE0 - 991 - 100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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