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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gac | ||||||
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タイトル | T152C MUTANT GLYCOSYLASPARAGINASE FROM FLAVOBACTERIUM MENINGOSEPTICUM | ||||||
要素 | (GLYCOSYLASPARAGINASE) x 2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / GLYCOSYLASPARAGINASE / N-TERMINAL NUCLEOPHILE HYDROLASE / AUTOPROTEOLYSIS / MUTANT (ミュータント (人類)) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N4-(beta-N-acetylglucosaminyl)-L-asparaginase / N4-(beta-N-acetylglucosaminyl)-L-asparaginase activity / asparaginase activity / beta-aspartyl-peptidase activity / ペリプラズム / リソソーム / タンパク質分解 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Elizabethkingia meningoseptica (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Guo, H.-C. / Xu, Q. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998 タイトル: Crystal structures of Flavobacterium glycosylasparaginase. An N-terminal nucleophile hydrolase activated by intramolecular proteolysis. 著者: Guo, H.C. / Xu, Q. / Buckley, D. / Guan, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2gac.cif.gz | 117.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2gac.ent.gz | 91.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2gac.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/2gac ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/2gac | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.99999, 0.00474, -0.00121), ベクター: 詳細 | THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS TWO MOLECULES OF HETERODIMERS (A+B AND C+D). EACH HETERODIMER IS AUTOPROTEOLYZED FROM A SINGLE CHAIN PRECURSOR THE SEQUENCE COMPARISON IS DONE. | |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16819.072 Da / 分子数: 2 / 変異: T152C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Elizabethkingia meningoseptica (バクテリア) プラスミド: PMAL FUSION PROTEIN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q47898, N4-(beta-N-acetylglucosaminyl)-L-asparaginase #2: タンパク質 | 分子量: 15380.615 Da / 分子数: 2 / 変異: T152C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Elizabethkingia meningoseptica (バクテリア) プラスミド: PMAL FUSION PROTEIN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q47898, N4-(beta-N-acetylglucosaminyl)-L-asparaginase #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 32 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年3月1日 / 詳細: YALE MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.1 Å / Num. obs: 30530 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 1.93 % / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 8.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 1.65 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Rsym value: 0.189 / % possible all: 77.8 |
反射 | *PLUS % possible obs: 0.09 % / Num. measured all: 59059 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 77.8 % / Rmerge(I) obs: 0.189 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.1→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED INDIVIDUAL B F / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 14.99 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati d res low obs: 6 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→6 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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