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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2g8c | ||||||
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タイトル | Atomic-resolution crystal structure of Borrelia burgdorferi OspA via surface entropy reduction | ||||||
要素 | outer surface protein A | ||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / beta sheet (Βシート) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Borrelia burgdorferi (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å | ||||||
データ登録者 | Makabe, K. / Tereshko, V. / Koide, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2006 タイトル: Atomic-resolution crystal structure of Borrelia burgdorferi outer surface protein A via surface engineering. 著者: Makabe, K. / Tereshko, V. / Gawlak, G. / Yan, S. / Koide, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2g8c.cif.gz | 123.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2g8c.ent.gz | 94.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2g8c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/2g8c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/2g8c | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1ospS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26395.469 Da / 分子数: 1 変異: E37S, E45S, K46S, K48A, K60A, K64S, K83A, K104S, K107S, E196A, K239S, E240S, K254S 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Borrelia burgdorferi (バクテリア) プラスミド: pET24a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14013, UniProt: P0CL66*PLUS | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-IMD / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.01 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7 詳細: 30% PEG400, 0.1M imidazole, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.15→20 Å / Num. all: 82636 / Num. obs: 82636 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 17.76 |
反射 シェル | 解像度: 1.15→1.19 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.328 / Mean I/σ(I) obs: 3.04 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1OSP, O chain 解像度: 1.15→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 1.018 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.036 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.183 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.15→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.15→1.18 Å / Total num. of bins used: 20
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