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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2g88 | ||||||
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タイトル | MSRECA-dATP COMPLEX | ||||||
要素 | Protein recA | ||||||
キーワード | RECOMBINATION (遺伝的組換え) / DNA-REPAIR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ATP-dependent DNA damage sensor activity / SOS response / single-stranded DNA binding / DNA recombination / damaged DNA binding / DNA修復 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium smegmatis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Krishna, R. / Manjunath, G.P. / Kumar, P. / Surolia, A. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2006 タイトル: Crystallographic identification of an ordered C-terminal domain and a second nucleotide-binding site in RecA: new insights into allostery. 著者: Krishna, R. / Manjunath, G.P. / Kumar, P. / Surolia, A. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. #1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2000 タイトル: Crystal structures of Mycobacterium tuberculosis RecA and its complex with ADP-AlF4: implications for decreased ATPase activity and molecular aggregation 著者: Datta, S. / Prabu, M.M. / Vaze, M.B. / Ganesh, N. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. #2: ジャーナル: Proteins / 年: 2003 タイトル: Structural studies on MtRecA-nucleotide complexes: Insights into DNA and nucleotide binding and the structural signature of NTP recognition 著者: Datta, S. / Ganesh, N. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. #3: ジャーナル: J.BACTERIOL. / 年: 2003 タイトル: Crystal structures of Mycobacterium smegmatis RecA and its nucleotide complexes 著者: Datta, S. / Krishna, R. / Ganesh, N. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2g88.cif.gz | 76.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2g88.ent.gz | 55.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2g88.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/2g88 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/2g88 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1ubcS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37344.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 遺伝子: recA / プラスミド: PTHIOA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JC10289 / 参照: UniProt: Q59560, UniProt: Q7X416*PLUS | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CIT / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.74 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M citrate phosphate, 30% 4000 PEG, 0.1M sodium citrate, 10% glycerol, 0.1M Nacl, 0.2M ammonium acetate, 0.025 DTT, 0.025 sodium azide, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年1月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→25.4 Å / Num. obs: 7941 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 6.3 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1UBC 解像度: 3.2→25.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 413864.12 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 55.44 Å2 / ksol: 0.11 e/Å3 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→25.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.2→3.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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