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万見
- PDB-2g7j: Solution NMR structure of the putative cytoplasmic protein ygaC f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g7j
タイトルSolution NMR structure of the putative cytoplasmic protein ygaC from Salmonella typhimurium. Northeast Structural Genomics target StR72.
要素putative cytoplasmic protein細胞質
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / StR72 / AUTOSTRUCTURE / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性Protein of unknown function DUF2002 / Protein of unknown function DUF2002 / Protein of unknown function (DUF2002) / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / : / Putative cytoplasmic protein
機能・相同性情報
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Aramini, J.M. / Swapna, G.V.T. / Ramelot, T.A. / Ho, C.K. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Shetty, K. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Kennedy, M.A. ...Aramini, J.M. / Swapna, G.V.T. / Ramelot, T.A. / Ho, C.K. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Shetty, K. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Kennedy, M.A. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR structure of the putative cytoplasmic protein ygaC from Salmonella typhimurium. Northeast Structural Genomics target StR72.
著者: Aramini, J.M. / Swapna, G.V.T. / Ramelot, T.A. / Ho, C.K. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Shetty, K. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Kennedy, M.A. / Montelione, G.T.
履歴
登録2006年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative cytoplasmic protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4051
ポリマ－14,4051
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 putative cytoplasmic protein / 細胞質


分子量: 14405.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: ygaC / プラスミド: StR72-21.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)MGK / 参照: GenBank: 16421350, UniProt: Q8ZML5*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1223D 13C-separated NOESY
1324D 13C-separated NOESY
141HNHA
153high resolution CH-HSQC (stereospecific assignment of Val/Leu methyls)
161backbone TR expts
1723D (H)CCH-COSY
1813D TOCSYs, aromatic expts
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE RESONANCE NMR SPECTROSCOPY. AUTOMATED BACKBONE ASSIGNMENTS WERE MADE USING AUTOASSIGN, AND THE ASSIGNMENTS WERE COMPLETED MANUALLY. AUTOMATIC NOESY ...Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE RESONANCE NMR SPECTROSCOPY. AUTOMATED BACKBONE ASSIGNMENTS WERE MADE USING AUTOASSIGN, AND THE ASSIGNMENTS WERE COMPLETED MANUALLY. AUTOMATIC NOESY ASSIGNMENTS AS WELL AS DISTANCE AND HYDROGEN BOND CONSTRAINTS WERE DETERMINED USING AUTOSTRUCTURE. DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS WERE DETERMINED USING HYPER AND TALOS. COMPLETENESS OF NMR ASSIGNMENTS (EXCLUDING C-TERMINAL HHHHHH): BACKBONE, 100%, SIDE CHAIN, 94.6%, AROMATICS, 91.1%, STEREOSPECIFIC METHYL, 94.4%. FINAL STRUCTURE QUALITY FACTORS (FOR RESIDUES 1 to 112, PSVS 1.2), WHERE ORDERED RESIDUES [S(PHI) + S(PSI) > 1.8] COMPRISE 3-43,49-50,55-66,69-71,75-76,88-96,98-109: (A) RMSD (ORDERED RESIDUES): BB, 0.6, HEAVY ATOM, 1.1. (B) RAMACHANDRAN STATISTICS FOR ORDERED RESIDUES: MOST FAVORED, 87.4%, ADDITIONALLY ALLOWED, 12.4%, GENEROUSLY ALLOWED, 0.2%, DISALLOWED, 0.0%. (C) PROCHECK SCORES FOR ORDERED RESIDUES (RAW/Z-): PHI-PSI, -0.34/-1.02, ALL, -0.32/-1.89. (D) MOLPROBITY CLASH SCORE (RAW/Z-): 25.21/-2.80. (E) RPF SCORES FOR GOODNESS OF FIT TO NOESY DATA (ALL RESIDUES): RECALL, 0.971, PRECISION, 0.945, F-MEASURE, 0.958, DP-SCORE, 0.846.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.12mM U-13C,15N StR72, 20mM MES, 100mM NaCl, 5mM CaCl2, 10mM DTT, 0.02% NaN3, pH 6.5, 5% D2O/95% H2O5% D2O/95% H2O
21.12mM U-13C,15N StR72, 20mM MES, 100mM NaCl, 5mM CaCl2, 10mM DTT, 0.02% NaN3, pH 6.5, 100% D2O100% D2O
31.07mM 5%-13C,U-15N StR72, 20mM MES, 100mM NaCl, 5mM CaCl2, 10mM DTT, 0.02% NaN3, pH 6.5, 5% D2O/95% H2O5% D2O/95% H2O
試料状態イオン強度: 100 mM NaCl / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Varian INOVAVarianINOVA7503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.5pl6Brukercollection
VNMR6.1CVariancollection
Sparky3.11Goddard & Knellerデータ解析
AutoAssign1.17.0Zimmerman, Moseley, Montelioneデータ解析
AutoStructure2.1.1Huang & Montelione精密化
XPLOR-NIH2.11.2Clore et al.精密化
CNS1.1Brunger et al.精密化
PdbStat4.01Tejero & Montelioneデータ解析
PSVS1.2Bhattacharya & Montelioneデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 1759 CONFORMATIONALLY-RESTRICTING NOE-DERIVED DISTANCE CONSTRAINTS, 219 DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS, AND 58 HYDROGEN BOND CONSTRAINTS (18.2 CONSTRAINTS ...詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 1759 CONFORMATIONALLY-RESTRICTING NOE-DERIVED DISTANCE CONSTRAINTS, 219 DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS, AND 58 HYDROGEN BOND CONSTRAINTS (18.2 CONSTRAINTS PER RESIDUE, 6.7 LONG RANGE CONSTRAINTS PER RESIDUE, COMPUTED FOR RESIDUES 1 to 112 BY PSVS 1.2). STRUCTURE DETERMINATION WAS PERFORMED ITERATIVELY USING AUTOSTRUCTURE (XPLOR-NIH). AFTER A FINAL XPLOR CALCULATION USING THE FINAL CONSTRAINTS DERIVED FROM AUTOSTRUCTURE, THE 20 LOWEST ENERGY STRUCTURES OUT OF 100 WERE FURTHER REFINED BY RESTRAINED MOLECULAR DYANMICS/ENERGY MINIMIZATION IN EXPLICIT WATER (CNS). THE UNSTRUCTURED C-TERMINUS OF THE PROTEIN (EKTD + LEHHHHHH TAG) WERE INCLUDED IN ALL STRUCTURE CALCULATIONS BUT HAVE BEEN OMITTED FROM THIS DEPOSITION.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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