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- PDB-2fjh: Structure of the B20-4 Fab, a phage derived Fab fragment, in comp... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2fjh | ||||||
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Title | Structure of the B20-4 Fab, a phage derived Fab fragment, in complex with VEGF | ||||||
![]() |
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![]() | HORMONE/GROWTH FACTOR/IMMUNE SYSTEM / ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() positive regulation of cell migration by vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of peptidyl-tyrosine autophosphorylation / basophil chemotaxis / cellular stress response to acid chemical / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wiesmann, C. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure-function studies of two synthetic anti-vascular endothelial growth factor Fabs and comparison with the Avastin Fab. Authors: Fuh, G. / Wu, P. / Liang, W.C. / Ultsch, M. / Lee, C.V. / Moffat, B. / Wiesmann, C. | ||||||
History |
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Remark 999 | SEQUENCE The Fab fragment of an antibody was derived using phage display. Therefore there is no ...SEQUENCE The Fab fragment of an antibody was derived using phage display. Therefore there is no match for the deposited FAB sequences in any sequence database. |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 210.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 170.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 2fjfSC ![]() 2fjgC ![]() 1fltS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Details | The crystallographic two-fold axis generates two NCS related complexes comprising a homodimer of VEGF bound to 2 Fab moleucles |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 11948.680 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Receptor binding domain of VEGF (residues 34-135) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Antibody | ![]() Mass: 23253.875 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #3: Antibody | ![]() Mass: 24198.023 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 5.046684 Å3/Da / Density % sol: 75.627563 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.6 Details: 0.1 M Sodium acetate, 1.6 M Ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Mar 14, 2004 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 3.1→50 Å / Num. all: 42840 / Num. obs: 42755 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
Reflection shell | Resolution: 3.1→3.21 Å / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: Search model for VEGF was based on 1FLT, search model for Fab was based on 2FJF. Resolution: 3.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 15.736 / SU ML: 0.267 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.657 / ESU R Free: 0.343 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 55.043 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.1→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.1→3.163 Å / Total num. of bins used: 25 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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