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- PDB-2fd8: Crystal Structure of AlkB in complex with Fe(II), 2-oxoglutarate,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fd8
タイトルCrystal Structure of AlkB in complex with Fe(II), 2-oxoglutarate, and methylated trinucleotide T-meA-T
要素
  • 5'-D(P*TP*(MA7)P*T)-3'
  • Alkylated DNA repair protein alkB
キーワードOXIDOREDUCTASE/DNA / beta jellyroll / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / OXIDOREDUCTASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


response to methyl methanesulfonate / : / DNA oxidative demethylase / : / oxidative RNA demethylation / : / oxidative RNA demethylase activity / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / RNA repair / : ...response to methyl methanesulfonate / : / DNA oxidative demethylase / : / oxidative RNA demethylation / : / oxidative RNA demethylase activity / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / RNA repair / : / oxidative demethylation / DNA alkylation repair / dioxygenase activity / ferrous iron binding / DNA修復 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Alkylated DNA repair protein AlkB / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / : / デオキシリボ核酸 / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Yu, B. / Benach, J. / Edstrom, W.C. / Gibney, B.R. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Nature / 年: 2006
タイトル: Crystal structures of catalytic complexes of the oxidative DNA/RNA repair enzyme AlkB.
著者: Yu, B. / Edstrom, W.C. / Benach, J. / Hamuro, Y. / Weber, P.C. / Gibney, B.R. / Hunt, J.F.
履歴
登録2005年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600HETEROGEN The close contacts in remark 500 are due to iron coordination.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(P*TP*(MA7)P*T)-3'
A: Alkylated DNA repair protein alkB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7054
ポリマ－24,5032
非ポリマー2022
水3,855214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.746, 40.746, 118.304
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(P*TP*(MA7)P*T)-3'


分子量: 891.669 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Alkylated DNA repair protein alkB


分子量: 23610.975 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 12-216 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 生物種: Escherichia coli大腸菌 / 株: K-12 / 遺伝子: alkB, aidD / プラスミド: pET26 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P05050
#3: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸 / Α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 22-24% (w/v) PEG 3350, 10% glycerol and 200 mM sodium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1.74060, 1.74169, 1.70473
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月19日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.74061
21.741691
31.704731
Reflection

D res high: 2.3 Å / D res low: 20 Å

冗長度 (%)ID数Rmerge(I) obsΧ2% possible obs
7.81169580.0571.39899.6
8.12170210.061.10999.6
8.13171010.0721.08699.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.932099.810.0431.4738.3
3.934.9310010.0451.6598.4
3.433.9310010.0521.7668.3
3.123.4310010.0591.6138.2
2.93.1210010.0661.4348.1
2.732.910010.0761.2698
2.592.7310010.0871.1567.9
2.482.5910010.1031.0987.9
2.382.4810010.1251.1816.9
2.32.3896.510.1321.1845.5
4.932099.920.0431.2468.8
3.934.9310020.0461.4438.8
3.433.9310020.0551.4818.7
3.123.4310020.0611.3028.6
2.93.1210020.0711.0868.5
2.732.910020.0860.9818.4
2.592.7310020.0990.8788.3
2.482.5910020.1190.8018.3
2.382.4810020.1430.8117.1
2.32.3895.820.1560.8525.5
4.932010030.0481.3178.8
3.934.9310030.0541.678.8
3.433.9310030.0661.6298.7
3.123.4310030.0741.3388.6
2.93.1210030.0881.0348.5
2.732.910030.1060.8558.4
2.592.7310030.1290.7238.3
2.482.5910030.1550.6328.1
2.382.4810030.1890.6357.3
2.32.3896.730.2040.6835.2
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 8630 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 15.3 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 1.066
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.3810.80.1438360.779197.7
2.38-2.4813.70.1358520.8041100
2.48-2.5915.60.1138720.7621100
2.59-2.7315.70.0988710.8281100
2.73-2.915.90.0868580.9371100
2.9-3.1216.10.0758611.0561100
3.12-3.4316.10.0668661.1651100
3.43-3.9316.40.068571.2861100
3.93-4.9316.50.0538601.3171100
4.93-2016.10.0558971.5311100

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MAD set siteAtom type symbol: Fe / B iso: 17.912 / Fract x: 0.424 / Fract y: 0.028 / Fract z: 0 / Occupancy: 1.273
Phasing dmFOM : 0.67 / FOM acentric: 0.67 / FOM centric: 0.62 / 反射: 8538 / Reflection acentric: 8297 / Reflection centric: 241
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
6.6-29.5760.870.870.8237434529
4.1-6.60.780.780.721137109146
3.3-4.10.660.660.641451140546
2.9-3.30.710.710.661437140235
2.5-2.90.670.670.52577252156
2.3-2.50.540.540.441562153329

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.08位相決定
RESOLVE2.08位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1476777 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 894 10.5 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs-8536 99.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.089 Å2 / ksol: 0.313 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.14 Å20 Å20 Å2
2---0.92 Å20 Å2
3---2.05 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.27 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1556 63 11 214 1844
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.42
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.341.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.282
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.942
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.92.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 138 9.9 %
Rwork0.201 1257 -
obs-1395 98.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3dna-rna_rep.param_bydna-rna.top_by
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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