PDB-2f34: Crystal Structure of the GluR5 Ligand Binding Core Dimer with UBP...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2f34

タイトル

Crystal Structure of the GluR5 Ligand Binding Core Dimer with UBP310 At 1.74 Angstroms Resolution

要素

GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 1

グルタミン酸受容体

キーワード

MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)

機能・相同性

機能・相同性情報

gamma-aminobutyric acid secretion / negative regulation of synaptic transmission, GABAergic / L-glutamate transmembrane transporter activity / positive regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity /

inhibitory postsynaptic potential ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Mayer, M.L.

引用

ジャーナル: J.Neurosci. / 年: 2006
タイトル: Crystal structures of the kainate receptor GluR5 ligand binding core dimer with novel GluR5-selective antagonists.
著者: Mayer, M.L. / Ghosal, A. / Dolman, N.P. / Jane, D.E.

履歴

登録	2005年11月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年4月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年8月16日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年8月23日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2f34.cif.gz	133.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2f34.ent.gz	104.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2f34.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/2f34 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/2f34	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2f35C 2f36C 1txfS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2f35-2 3lza-1 2yjr-d 3h06-2 4u2r-3 2fgj-4 2i67-1 3h06-7 6sbt-d 2o3q-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (11) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2)

登録構造単位

A: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 1

B: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 1

ヘテロ分子

59.7 kDa, 2 ポリマー
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1

A: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.8 kDa, 1 ポリマー
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3

A: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 1

ヘテロ分子

A: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
59.7 kDa, 2 ポリマー
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4

B: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 1

ヘテロ分子

B: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
59.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.698, 97.954, 129.126
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-501- CL
2	1	B-502- CL
3	1	A-1031- HOH
4	1	B-1036- HOH

詳細

The chain A dimer is generated by the two-fold axis: X,-Y,-Z

#1: タンパク質	GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 1 / グルタミン酸受容体 / Glutamate receptor 5 / GluR-5 / GluR5 分子量: 29211.531 Da / 分子数: 2 断片: GluR5 ligand binding core (sequence database 446-559 and 682-821) 変異: E791S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Grik1 / プラスミド: PET22 (MODIFIED) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ORIGAMI B (DE3) / 参照: UniProt: P22756
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-UBA / (S)-1-(2-AMINO-2-CARBOXYETHYL)-3(2-CARBOXYTHIOPHENE-3-YL-METHYL)-5-METHYLPYRIMIDINE-2,4-DIONE / UBP-310 分子量: 353.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₅N₃O₆S
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 482 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6 詳細: 17-22% PEG 1K 100mM TRIS 5mM UBP310, pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月11日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si-220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.74→40 Å / Num. all: 64151 / Num. obs: 64151 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 25.16 Å² / R_merge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 1.74→1.8 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.441 / Mean I/σ(I) obs: 3.38 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TXF

1txf

解像度: 1.74→33.41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 3.895 / SU ML: 0.069 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21135	3218	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18103	-	-	-
all	0.18255	60378	-	-
obs	0.18255	60378	99.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.284 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.26 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→33.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4014	0	82	482	4578

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	4547
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.661	1.993	6166
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.762	5	576
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.879	24.316	190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.626	15	877
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.203	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.124	0.2	661
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3425
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.262	0.3	2423
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.32	0.5	3299
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.228	0.5	821
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.276	0.3	101
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.227	0.5	100
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.123	2	2811
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.718	3	4469
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.33	2	2008
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.876	3	1697
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.74→1.785 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.252	265	-
R_work	0.21	4373	-
obs	-	-	99.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3775	0.7059	0.9999	1.449	1.6446	3.0411	0.0985	-0.0309	-0.043	0.0813	0.1615	-0.0743	-0.0507	0.2934	-0.2601	0.0627	-0.072	0.0133	0.1094	-0.062	0.0827	-7.581	13.508	20.866
2	1.8196	0.3076	-0.0522	2.435	1.3425	2.7158	0.1982	-0.0528	0.0943	0.1226	-0.0579	0.0013	0.1522	-0.0835	-0.1403	0.0162	-0.0494	-0.0112	-0.0029	0.0138	0.0173	-18.9	2.597	9.665
3	1.5248	-0.0397	0.5411	3.3125	1.0976	2.6712	0.0199	0.1205	0.1052	-0.6743	-0.0587	0.5608	-0.3116	-0.5204	0.0388	0.238	-0.0735	0.1583	0.3857	0.0051	0.16	-25.105	10.852	-11.4
4	1.3845	0.5422	0.299	1.7639	1.4835	3.608	0.2019	-0.0753	0.0498	0.089	-0.0769	-0.0481	0.1022	-0.1436	-0.125	0.0207	-0.0315	-0.0174	-0.0083	0.0021	0.0166	-19.385	2.209	7.749
5	1.3853	0.7122	-1.5954	0.3921	-0.9961	3.0284	0.1769	0.0441	0.0661	-0.0254	0.0772	0.052	-0.3049	0.1112	-0.2541	0.1112	-0.0748	0.0626	0.0618	-0.0175	0.0734	-34.841	-7.179	12.097
6	2.4038	0.1888	-1.2998	1.8043	-0.051	2.7508	-0.068	0.1134	-0.0179	-0.0693	0.1941	-0.0848	0.074	-0.153	-0.1261	-0.0031	-0.0495	-0.013	0.0173	0.0107	0.0175	-46.504	-18.685	22.455
7	3.3621	-0.5875	-0.9504	1.8284	0.2998	2.8606	-0.2017	-0.9314	-0.6856	0.5758	0.4066	0.1912	0.6779	0.2063	-0.205	0.3293	0.0087	-0.0914	0.1356	0.0125	0.113	-38.113	-29.044	47.729
8	1.7927	0.4731	-1.2408	1.5021	-0.1134	3.531	-0.0652	0.0586	0.0262	-0.0651	0.1749	-0.0584	0.1229	-0.1072	-0.1097	-0.009	-0.033	0.0027	0.0198	0.0178	0.01	-46.557	-19.43	24.606

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 69	4 - 69
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	70 - 127	70 - 127
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	128 - 213	128 - 213
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	214 - 254	214 - 254
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	4 - 69	4 - 69
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	70 - 127	70 - 127
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	128 - 213	128 - 213
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	214 - 254	214 - 254

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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