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- PDB-2f2g: X-Ray Structure of Gene Product From Arabidopsis Thaliana AT3G16990 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f2g
タイトルX-Ray Structure of Gene Product From Arabidopsis Thaliana AT3G16990
要素SEED MATURATION PROTEIN PM36 HOMOLOG
キーワードPLANT PROTEIN (植物) / TENA_THI-4 DOMAIN / TENA/THI-4/PQQC FAMILY / AT3G16990 / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / CESG / CENTER FOREUKARYOTIC STRUCTURAL GENOMICS / Center for Eukaryotic Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


aminopyrimidine aminohydrolase / thiaminase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
類似検索 - 分子機能
TenA_E protein / Thiaminase-2/PQQC / TENA/THI-4/PQQC family / Heme oxygenase-like / Heme Oxygenase; Chain A / Haem oxygenase-like, multi-helical / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
4-AMINO-5-HYDROXYMETHYL-2-METHYLPYRIMIDINE / Bifunctional TENA-E protein
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wesenberg, G.W. / Smith, D.W. / Phillips Jr., G.N. / Johnson, K.A. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of gene locus At3g16990 from Arabidopsis thaliana
著者: Blommel, P.G. / Smith, D.W. / Bingman, C.A. / Dyer, D.H. / Rayment, I. / Holden, H.M. / Fox, B.G. / Phillips Jr., G.N.
履歴
登録2005年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2005年12月13日ID: 1Q4M
改定 1.02005年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年2月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SEED MATURATION PROTEIN PM36 HOMOLOG
B: SEED MATURATION PROTEIN PM36 HOMOLOG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3288
ポリマ－50,6652
非ポリマー6636
水7,692427
1
A: SEED MATURATION PROTEIN PM36 HOMOLOG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5683
ポリマ－25,3331
非ポリマー2352
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SEED MATURATION PROTEIN PM36 HOMOLOG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7605
ポリマ－25,3331
非ポリマー4274
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.700, 62.700, 287.621
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Cell settingtetragonal
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
51A
61B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYALAAA5 - 215 - 21
21GLYALABB5 - 215 - 21
32SERHISAA38 - 14938 - 149
42SERHISBB38 - 14938 - 149
53GLYMSEAA163 - 216163 - 216
63GLYMSEBB163 - 216163 - 216

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要素

#1: タンパク質 SEED MATURATION PROTEIN PM36 HOMOLOG / protein At3g16990


分子量: 25332.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At3g16990 / プラスミド: PVP13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q9ASY9
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-HMH / 4-AMINO-5-HYDROXYMETHYL-2-METHYLPYRIMIDINE / 2-メチル-4-アミノピリミジン-5-メタノ-ル / 4-Amino-5-hydroxymethyl-2-methylpyrimidine


分子量: 139.155 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H9N3O
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 427 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein solution (15 mg/ml protein, 0.025 M sodium chloride, 0.10 M Tris pH 7.5) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (0.055 M sodium acetate pH 4.5, 1.05 M ammonium sulfate), ...詳細: Protein solution (15 mg/ml protein, 0.025 M sodium chloride, 0.10 M Tris pH 7.5) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (0.055 M sodium acetate pH 4.5, 1.05 M ammonium sulfate), temperature 277 K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 0.97912 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月26日 / 詳細: Bent cylindrical Si-mirror (Rh coating)
放射モノクロメーター: Diamond (111) double-crystal monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97912 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→43.81 Å / Num. obs: 30515 / % possible obs: 84.9 % / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 22.303
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.08-2.156.10.266.376144.8
2.15-2.2470.195155.7
2.24-2.347.70.175168
2.34-2.478.40.125188.2
2.47-2.6210.30.121199.4
2.62-2.8210.80.086199.7
2.82-3.1110.70.071199.7
3.11-3.5610.60.057199.6
3.56-4.4810.30.05199.4
4.48-509.30.058192

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MADD res high: 2.5 Å / D res low: 25 Å / FOM : 0.47 / 反射: 20370
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se38.110.4330.1120.1051.612
2Se35.0660.8220.0690.0861.346
3Se56.1350.6920.210.0731.525
4Se34.1160.6640.6920.0981.097
5Se26.7140.6230.2210.1090.704
6Se41.9620.5620.4840.0780.815
7Se600.5290.9570.091.547
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
8.74-250.42901
5.61-8.740.511776
4.41-5.610.52213
3.75-4.410.52563
3.32-3.750.482873
3.01-3.320.493144
2.77-3.010.463383
2.58-2.770.393517
Phasing dmFOM : 0.69 / FOM acentric: 0.73 / FOM centric: 0.5 / 反射: 20370 / Reflection acentric: 16709 / Reflection centric: 3661
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
7.1-24.9210.770.890.59769458311
4.5-7.10.820.890.6228562127729
3.6-4.50.830.880.6535162813703
3.1-3.60.750.790.5334612884577
2.7-3.10.620.670.3660945213881
2.5-2.70.470.50.2536743214460

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.02位相決定
RESOLVE2.02位相決定
REFMACrefmac_5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
MAR345データ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→43.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 8.176 / SU ML: 0.114 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, SELENIUM C COEFFICIENT FOR STRUCTURE FACTOR CALCULATION SET TO -9.00, MOLPROBITY USED TO ASSIST IN FINAL MODEL BUILDING.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23355 1519 5.1 %RANDOM
Rwork0.16979 ---
obs0.17306 28535 86.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.599 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20 Å20 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→43.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3402 0 40 427 3869
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0223545
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4761.9364805
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8895423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.48923.52179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.38715586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.871529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2516
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022707
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.21779
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.22513
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2060.2339
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2380.2111
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2280.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.69422169
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.59543408
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.89161603
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.66781397
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1452 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.50.5
medium thermal1.852
LS精密化 シェル解像度: 2.101→2.156 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 58 -
Rwork0.165 1151 -
obs--48.05 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.45120.01620.01880.79020.46061.3281-0.0234-0.0361-0.0234-0.13920.0715-0.0440.0080.127-0.04810.03220.0112-0.0279-0.0898-0.003-0.03232.68149.76849.982
21.6774-0.65460.62061.54350.10220.32170.0243-0.1379-0.05290.17020.03050.00580.0217-0.092-0.05480.11680.001-0.0309-0.1036-0.0005-0.08346.59423.02750.127
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA5 - 2195 - 219
2X-RAY DIFFRACTION2BB4 - 2194 - 219

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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