+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3v3r | ||||||
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Title | Crystal Structure of GES-11 | ||||||
Components | Extended spectrum class A beta-lactamase GES-11 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Beta lactamase fold / Beta Lactams | ||||||
Function / homology | Function and homology information beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Acinetobacter baumannii (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.898 Å | ||||||
Authors | Delbruck, H. / Hoffmann, K.M.V. / Bebrone, C. | ||||||
Citation | Journal: Antimicrob.Agents Chemother. / Year: 2012 Title: Kinetic and crystallographic studies of extended-spectrum GES-11, GES-12, and GES-14 beta-lactamases. Authors: Delbruck, H. / Bogaerts, P. / Kupper, M.B. / Rezende de Castro, R. / Bennink, S. / Glupczynski, Y. / Galleni, M. / Hoffmann, K.M. / Bebrone, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3v3r.cif.gz | 220.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3v3r.ent.gz | 179.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3v3r.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/3v3r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/3v3r | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3tsgC 2qpnS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 31206.465 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: BETA-LACTAMASE Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Acinetobacter baumannii (bacteria) / Gene: blaGES-11, GES11 / Plasmid: PET28/GES11 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: C5HUY1, beta-lactamase #2: Chemical | ChemComp-IOD / #3: Chemical | ChemComp-NA / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.05 Å3/Da / Density % sol: 40.12 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M NA IODIDE, 30 % PEG 3350, 5 % GLYCEROL, pH none, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K PH range: none |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: ENRAF-NONIUS FR591 / Wavelength: 1.5418 Å | |||||||||||||||
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Nov 2, 2011 / Details: Mirror | |||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Mirror / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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Reflection | Resolution: 1.88→20 Å / Num. all: 42480 / Num. obs: 40335 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4 % / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 8.98 | |||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.88→1.92 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.523 / Mean I/σ(I) obs: 2.35 / % possible all: 87.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2QPN Resolution: 1.898→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.038 / ESU R Free: 0.033 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 18.058 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.898→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.898→1.947 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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