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Yorodumi- PDB-2f2g: X-Ray Structure of Gene Product From Arabidopsis Thaliana AT3G16990 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2f2g | |||||||||
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Title | X-Ray Structure of Gene Product From Arabidopsis Thaliana AT3G16990 | |||||||||
Components | SEED MATURATION PROTEIN PM36 HOMOLOG | |||||||||
Keywords | PLANT PROTEIN / TENA_THI-4 DOMAIN / TENA/THI-4/PQQC FAMILY / AT3G16990 / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / CESG / CENTER FOREUKARYOTIC STRUCTURAL GENOMICS / Center for Eukaryotic Structural Genomics | |||||||||
Function / homology | Function and homology information aminopyrimidine aminohydrolase / thiaminase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / Hydrolases; Acting on carbon-nitrogen bonds, other than peptide bonds; In linear amides Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Arabidopsis thaliana (thale cress) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / MAD / Resolution: 2.1 Å | |||||||||
Authors | Wesenberg, G.W. / Smith, D.W. / Phillips Jr., G.N. / Johnson, K.A. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG) | |||||||||
Citation | Journal: Proteins / Year: 2004 Title: Crystal structure of gene locus At3g16990 from Arabidopsis thaliana Authors: Blommel, P.G. / Smith, D.W. / Bingman, C.A. / Dyer, D.H. / Rayment, I. / Holden, H.M. / Fox, B.G. / Phillips Jr., G.N. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2f2g.cif.gz | 106.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2f2g.ent.gz | 86.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2f2g.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/2f2g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/2f2g | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1 / Refine code: 4
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-Components
#1: Protein | Mass: 25332.719 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arabidopsis thaliana (thale cress) / Gene: At3g16990 / Plasmid: PVP13 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta / References: UniProt: Q9ASY9 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.78 Å3/Da / Density % sol: 55.5 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: Protein solution (15 mg/ml protein, 0.025 M sodium chloride, 0.10 M Tris pH 7.5) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (0.055 M sodium acetate pH 4.5, 1.05 M ammonium sulfate), ...Details: Protein solution (15 mg/ml protein, 0.025 M sodium chloride, 0.10 M Tris pH 7.5) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (0.055 M sodium acetate pH 4.5, 1.05 M ammonium sulfate), temperature 277 K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 90 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 14-ID-B / Wavelength: 0.97912 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Jun 26, 2003 / Details: Bent cylindrical Si-mirror (Rh coating) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond (111) double-crystal monochromator / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97912 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.08→43.81 Å / Num. obs: 30515 / % possible obs: 84.9 % / Redundancy: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 22.303 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: MAD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 2.5 Å / D res low: 25 Å / FOM : 0.47 / Reflection: 20370 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set site |
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | FOM : 0.69 / FOM acentric: 0.73 / FOM centric: 0.5 / Reflection: 20370 / Reflection acentric: 16709 / Reflection centric: 3661 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.1→43.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 8.176 / SU ML: 0.114 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.194 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, SELENIUM C COEFFICIENT FOR STRUCTURE FACTOR CALCULATION SET TO -9.00, MOLPROBITY USED TO ASSIST IN FINAL MODEL BUILDING.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 31.599 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→43.81 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Number: 1452 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.101→2.156 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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