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万見
- PDB-2ezv: Crystal structure of tetrameric restriction endonuclease SfiI bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ezv
タイトルCrystal structure of tetrameric restriction endonuclease SfiI bound to cognate DNA.
要素
  • 5'-D(*AP*GP*GP*CP*CP*TP*TP*GP*TP*TP*GP*GP*CP*CP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*GP*GP*CP*CP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*GP*CP*CP*T)-3'
  • Type II restriction enzyme SfiI
キーワードHYDROLASE/DNA / Type IIF restriction endonuclease / protein-DNA complex (デオキシリボ核酸) / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system
類似検索 - 分子機能
Type II restriction enzyme SfiI, DNA-recognition domain / Type II restriction enzyme SfiI, multifunctional domain / Type II restriction enzyme SfiI / Restriction endonuclease, type II SfiI, domain 2 / Restriction endonuclease, type II SfiI, domain 1 / Type II restriction enzyme SfiI / ECO RV Endonuclease; Chain A / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Βバレル / 3-Layer(aba) Sandwich ...Type II restriction enzyme SfiI, DNA-recognition domain / Type II restriction enzyme SfiI, multifunctional domain / Type II restriction enzyme SfiI / Restriction endonuclease, type II SfiI, domain 2 / Restriction endonuclease, type II SfiI, domain 1 / Type II restriction enzyme SfiI / ECO RV Endonuclease; Chain A / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Βバレル / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Type II restriction enzyme SfiI
類似検索 - 構成要素
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Aggarwal, A.K. / Vanamee, E.S. / Viadiu, H.
引用
ジャーナル: Embo J. / 年: 2005
タイトル: A view of consecutive binding events from structures of tetrameric endonuclease SfiI bound to DNA
著者: Vanamee, E.S. / Viadiu, H. / Kucera, R. / Dorner, L. / Picone, S. / Schildkraut, I. / Aggarwal, A.K.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Crystallization of restriction endonuclease SfiI in complex with DNA.
著者: Viadiu, H. / Vanamee, E.S. / Jacobson, E.M. / Schildkraut, I. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録2005年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: 5'-D(*TP*GP*GP*CP*CP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*GP*CP*CP*T)-3'
G: 5'-D(*AP*GP*GP*CP*CP*TP*TP*GP*TP*TP*GP*GP*CP*CP*A)-3'
A: Type II restriction enzyme SfiI
B: Type II restriction enzyme SfiI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,1386
ポリマ－75,0574
非ポリマー802
水3,225179
1
F: 5'-D(*TP*GP*GP*CP*CP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*GP*CP*CP*T)-3'
G: 5'-D(*AP*GP*GP*CP*CP*TP*TP*GP*TP*TP*GP*GP*CP*CP*A)-3'
A: Type II restriction enzyme SfiI
B: Type II restriction enzyme SfiI
ヘテロ分子

F: 5'-D(*TP*GP*GP*CP*CP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*GP*CP*CP*T)-3'
G: 5'-D(*AP*GP*GP*CP*CP*TP*TP*GP*TP*TP*GP*GP*CP*CP*A)-3'
A: Type II restriction enzyme SfiI
B: Type II restriction enzyme SfiI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,27512
ポリマ－150,1158
非ポリマー1604
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-2/31
単位格子
Length a, b, c (Å)85.600, 85.600, 202.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細The biological assembly is a tetramer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operations: x-y,-y,1/3-z

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*GP*GP*CP*CP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*GP*CP*CP*T)-3'


分子量: 6447.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*GP*GP*CP*CP*TP*TP*GP*TP*TP*GP*GP*CP*CP*A)-3'


分子量: 6438.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 Type II restriction enzyme SfiI / Endonuclease SfiI / R.SfiI


分子量: 31086.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: E. coli
参照: UniProt: O52512, type II site-specific deoxyribonuclease
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: pH 4.6 - 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 33075 / % possible obs: 95.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→50 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 1642 4.8 %
Rwork0.224 --
all-807714 -
obs-33075 95.9 %
溶媒の処理Bsol: 41.976 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 28.594 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.767 Å2-3.99 Å20 Å2
2---1.767 Å20 Å2
3---3.534 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4239 609 2 179 5029
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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