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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ez0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the S107A/E148Q/Y445A mutant of EcClC, in complex with a FaB fragment | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / ClC family of channels and transporters / H+/Cl- antiporter / membrane protein-Fab complex (生体膜) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chloride:proton antiporter activity / cellular stress response to acidic pH / voltage-gated chloride channel activity / chloride transmembrane transport / proton transmembrane transport / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.54 Å | ||||||
データ登録者 | Lobet, S. / Dutzler, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2006 タイトル: Ion-binding properties of the ClC chloride selectivity filter. 著者: Lobet, S. / Dutzler, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ez0.cif.gz | 336.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ez0.ent.gz | 271.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ez0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/2ez0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/2ez0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50281.324 Da / 分子数: 2 / 変異: S107A, E148Q, Y445A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P37019 #2: 抗体 | 分子量: 23823.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: HYBRIDOMA CELL LINE #3: 抗体 | 分子量: 23088.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: HYBRIDOMA CELL LINE #4: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.22 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 36% peg200/300 1:2, 100mM NaBr, 50 mM NaKTart, 50 mM Glycine, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.91931 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月14日 |
放射 | モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.5→50 Å / Num. all: 37589 / Num. obs: 33492 / % possible obs: 89.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 72.6 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 3.5→3.62 Å / % possible all: 90.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 1OTU 解像度: 3.54→19.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 4326688.23 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 14.3666 Å2 / ksol: 0.220033 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 91 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.54→19.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.5→3.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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