PDB-2etd: Crystal structure of a lema protein (tm0961) from thermotoga mari...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2etd

タイトル

Crystal structure of a lema protein (tm0961) from thermotoga maritima msb8 at 2.28 A resolution

要素

lemA protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Bromodomain-like fold /

structural genomics (構造ゲノミクス) / Joint Center for Structural Genomics / JCSG /

Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

LemA-like domain / MamQ/LemA / LemA-like domain superfamily / LemA family / de novo design (two linked rop proteins) / membrane => GO:0016020 / Up-down Bundle / Mainly Alpha / LemA protein

機能・相同性情報

生物種

Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.28 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of LEMA protein (tm0961) from THERMOTOGA MARITIMA at 2.28 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2005年10月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.4	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2etd.cif.gz	40.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2etd.ent.gz	30.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2etd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/2etd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/2etd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3c5d-d 2fcz-2 4u6k-d 2fcz-1 3dvv-d 1lpe-d 2fcx-d 4p67-2 2m57-d 6ncn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 358514

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: lemA protein

ヘテロ分子

20 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.454, 85.259, 53.397
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	21
Space group name H-M	C222

詳細

SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGIMERIZATION STATE.

#1: タンパク質	lemA protein 分子量: 19949.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) 株: MSB8 / 遺伝子: tm0961 / プラスミド: HK100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X056
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.39 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 6.3 詳細: 0.2M NH4NO3, 20.0% PEG-3350, No Buffer pH 6.3 , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.0163, 0.9797, 0.9796

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月9日

放射

モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.0163	1
2	0.9797	1
3	0.9796	1

反射

解像度: 2.25→30 Å / Num. obs: 8126 / % possible obs: 90.1 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.067 / Χ²: 1.03

反射シェル

解像度 (Å)	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured obs	Χ²	Diffraction-ID
2.25-2.33	62	3.5	0.332	549	1.08	1
2.33-2.42	99.9	3.6	0.177	872	1.043	1
2.42-2.53	99.3	3.6	0.158	887	1.06	1
2.53-2.67	99.8	3.6	0.144	894	1.066	1
2.67-2.83	99.3	3.6	0.112	876	1.002	1
2.83-3.05	99.2	3.6	0.088	889	0.996	1
3.05-3.36	98.5	3.6	0.077	876	1.017	1
3.36-3.85	64.9	3.3	0.078	587	0.994	1
3.85-4.84	84.5	3.5	0.054	779	1.039	1
4.84-30	94.3	3.4	0.041	917	1.012	1

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	1.601	データ抽出
DENZO		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELX		位相決定
SHARP		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.28→26.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 13.938 / SU ML: 0.175 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.318 / ESU R Free: 0.25
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27	375	4.6 %	RANDOM
R_work	0.216	-	-	-
all	0.219	-	-	-
obs	-	7717	93.03 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.488 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.66 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.78 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.28→26.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1106	0	1	62	1169

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	1119
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1023
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.362	1.968	1505
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.835	3	2384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.25	5	139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.773	25.263	57
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.049	15	208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.674	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	168
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1246
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	210
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	259
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.168	0.2	927
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	540
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	656
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.199	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.181	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.386	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.133	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.243	3	735
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.562	3	284
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.354	5	1116
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.965	8	449
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.617	11	389

LS精密化シェル

解像度: 2.28→2.339 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.391	22	-
R_work	0.24	568	-
obs	-	-	93.21 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 14.1683 Å / Origin y: 28.8656 Å / Origin z: 53.6444 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.1623 Å²	-0.0042 Å²	-0.0423 Å²	-	-0.2821 Å²	0.0024 Å²	-	-	-0.124 Å²
L	3.4018 °²	0.1682 °²	-2.1498 °²	-	1.0196 °²	-0.8106 °²	-	-	6.6168 °²
S	0.0338 Å °	-0.0457 Å °	0.2954 Å °	0.0509 Å °	0.0258 Å °	-0.0354 Å °	-0.3101 Å °	0.1317 Å °	-0.0596 Å °

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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