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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2elb | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the BAR-PH domain of human APPL1 | ||||||
![]() | Adapter protein containing PH domain, PTB domain and leucine zipper motif 1![]() | ||||||
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機能・相同性 | ![]() negative regulation of Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / positive regulation of macropinocytosis / adiponectin-activated signaling pathway / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, J. / Mao, X. / Dong, L.Q. / Liu, F. / Tong, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structures of the BAR-PH and PTB Domains of Human APPL1 著者: Li, J. / Mao, X. / Dong, L.Q. / Liu, F. / Tong, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 80 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 64.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer. |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 45987.117 Da / 分子数: 1 / 断片: The BAR-PH domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.7 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES (pH 7.5), 22% (w/v) polyacrylic acid 5100, 20mM magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 22741 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 29.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 27.5853 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.339 / Mean I/σ(I) obs: 5.94 / Num. unique all: 2267 / % possible all: 98.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 22.6318 Å2 / ksol: 0.304871 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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