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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2eiv | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the arginase from Thermus thermophilus | ||||||
![]() | Arginase![]() | ||||||
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機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kumarevel, T.S. / Karthe, P. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of the arginase from Thermus thermophilus 著者: Kumarevel, T.S. / Karthe, P. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 590.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 489.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2ef4S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 31270.146 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: HB8 / 遺伝子: TTHA1496 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.08 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 8% PEG MME2000, 0.05M Bis Tris Propane pH7.0, 0.005M Ammonium Acetate, 0.1M Guanidine HCL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 180 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月9日 |
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.9→40 Å / Num. all: 80781 / Num. obs: 80781 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 37.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.449 / Num. unique all: 7915 / % possible all: 98.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 2EF4 解像度: 2.91→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2028337.98 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 26.8685 Å2 / ksol: 0.309024 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.91→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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