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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2dtc | ||||||
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タイトル | Crystal structure of MS0666 | ||||||
要素 | RAL GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR RALGPS1A | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / PH domain / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of Ral protein signal transduction / small GTPase-mediated signal transduction / guanyl-nucleotide exchange factor activity / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, H. / Kishishita, S. / Murayama, K. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of MS0666 著者: Wang, H. / Kishishita, S. / Murayama, K. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2dtc.cif.gz | 60.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2dtc.ent.gz | 48.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2dtc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/2dtc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/2dtc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14588.295 Da / 分子数: 2 / 断片: PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: CELL-FREE PROTEIN SYNTHESIS / プラスミド: PX051128-20 / 参照: UniProt: Q8BVR9, UniProt: A2AR50*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.65 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG3350, TRIS, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.9700, 0.9790, 0.9794 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月20日 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 24140 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 15.4 Å2 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 13.2 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 2370 / Rsym value: 0.269 / % possible all: 97.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→34.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 187438.36 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.9778 Å2 / ksol: 0.369065 e/Å3 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→34.75 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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