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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2d28 | ||||||
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タイトル | Structure of the N-terminal domain of XpsE (crystal form P43212) | ||||||
要素 | type II secretion ATPase XpsEType II secretion system | ||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / alpha-beta sandwich | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein-exporting ATPase activity / protein-secreting ATPase / protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Xanthomonas campestris (カンキツかいよう病) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, Y. / Shiue, S.-J. / Huang, C.-W. / Chang, J.-L. / Chien, Y.-L. / Hu, N.-T. / Chan, N.-L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005 タイトル: Structure and Function of the XpsE N-Terminal Domain, an Essential Component of the Xanthomonas campestris Type II Secretion System 著者: Chen, Y. / Shiue, S.-J. / Huang, C.-W. / Chang, J.-L. / Chien, Y.-L. / Hu, N.-T. / Chan, N.-L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2d28.cif.gz | 41.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2d28.ent.gz | 32 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2d28.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/2d28 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/2d28 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16943.967 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain / 変異: L26V / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xanthomonas campestris (カンキツかいよう病) 遺伝子: xpsE / プラスミド: pET16b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P31742 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CAC / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.7 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: magnesium acetate, sodium cacodylate pH 6.5, PEG400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL12B2 / 波長: 0.9537, 0.97990, 0.97980 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月11日 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2→28 Å / Num. obs: 12460 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.045 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.09 / Num. unique all: 1161 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 3.28 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.385 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→28 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /
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