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Yorodumi- PDB-2csb: Crystal structure of Topoisomerase V from Methanopyrus kandleri (... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2csb | ||||||
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Title | Crystal structure of Topoisomerase V from Methanopyrus kandleri (61 kDa fragment) | ||||||
Components | Topoisomerase V | ||||||
Keywords | ISOMERASE / topoisomerase IB / topoisomerase V / helix-turn-helix / helix-hairpin-helix / HhH motif / three helix bundle / Methanopyrus kandleri | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Methanopyrus kandleri (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Taneja, B. / Patel, A. / Slesarev, A. / Mondragon, A. | ||||||
Citation | Journal: Embo J. / Year: 2006 Title: Structure of the N-terminal fragment of topoisomerase V reveals a new family of topoisomerases Authors: Taneja, B. / Patel, A. / Slesarev, A. / Mondragon, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2csb.cif.gz | 231.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2csb.ent.gz | 185.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2csb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/2csb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/2csb | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 3 - 266 / Label seq-ID: 3 - 266
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-Components
#1: Protein | Mass: 60331.289 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: N-term 61 kDa fragment Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Methanopyrus kandleri (archaea) / Plasmid: pET14b / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21 (DE3) / References: GenBank: 20094872, UniProt: Q977W1*PLUS #2: Chemical | ChemComp-MG / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 51 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: PEG 3350, Na-cacodylate, MgCl2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 5ID-B / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Feb 1, 2003 |
Radiation | Monochromator: Silicon mirrors / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→27.7 Å / Num. all: 53175 / Num. obs: 53175 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6.7 % / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 9.6 |
Reflection shell | Highest resolution: 2.3 Å / Redundancy: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.262 / % possible all: 94.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.3→26.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 17.051 / SU ML: 0.226 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.405 / ESU R Free: 0.291 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 39.487 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→26.44 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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