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- PDB-2chp: Crystal structure of the dodecameric ferritin MrgA from B. subtil... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2chp
タイトルCrystal structure of the dodecameric ferritin MrgA from B. subtilis 168
要素METALLOREGULATION DNA-BINDING STRESS PROTEIN
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA-BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DPS / DODECAMERIC / FERRITIN (フェリチン) / DNA-BINDING / STRESS PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on metal ions / ferric iron binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Dps protein family signature 2. / Dps protein family signature 1. / DNA-binding protein Dps, conserved site / DNA-binding protein Dps / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / フェリチン / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily ...Dps protein family signature 2. / Dps protein family signature 1. / DNA-binding protein Dps, conserved site / DNA-binding protein Dps / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / フェリチン / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / Metalloregulation DNA-binding stress protein
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SUBTILIS SUBSP. SUBTILIS STR. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Essen, L.-O. / Morbitzer, A.
引用ジャーナル: Langmuir / 年: 2006
タイトル: Morphology of Dry Solid-Supported Protein Monolayers Dependent on the Substrate and Protein Surface Properties.
著者: Schonafinger, A. / Morbitzer, A. / Kress, D. / Essen, L. / Noll, F. / Hampp, N.
履歴
登録2006年3月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月28日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32024年5月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: METALLOREGULATION DNA-BINDING STRESS PROTEIN
B: METALLOREGULATION DNA-BINDING STRESS PROTEIN
C: METALLOREGULATION DNA-BINDING STRESS PROTEIN
D: METALLOREGULATION DNA-BINDING STRESS PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5876
ポリマ－69,3974
非ポリマー1902
水7,260403
1
A: METALLOREGULATION DNA-BINDING STRESS PROTEIN
B: METALLOREGULATION DNA-BINDING STRESS PROTEIN
C: METALLOREGULATION DNA-BINDING STRESS PROTEIN
D: METALLOREGULATION DNA-BINDING STRESS PROTEIN
ヘテロ分子

A: METALLOREGULATION DNA-BINDING STRESS PROTEIN
B: METALLOREGULATION DNA-BINDING STRESS PROTEIN
C: METALLOREGULATION DNA-BINDING STRESS PROTEIN
D: METALLOREGULATION DNA-BINDING STRESS PROTEIN
ヘテロ分子

A: METALLOREGULATION DNA-BINDING STRESS PROTEIN
B: METALLOREGULATION DNA-BINDING STRESS PROTEIN
C: METALLOREGULATION DNA-BINDING STRESS PROTEIN
D: METALLOREGULATION DNA-BINDING STRESS PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,76118
ポリマ－208,19112
非ポリマー5706
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_655-y+1,z+1/2,-x+1/21
crystal symmetry operation7_564-z+1/2,-x+1,y-1/21
Buried area37460 Å2
ΔGint-255.4 kcal/mol
Surface area75750 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)125.370, 125.370, 125.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-2092-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASN1AA9 - 739 - 73
21ASNASN1BB9 - 739 - 73
31ASNASN1CC9 - 739 - 73
41ASNASN1DD9 - 739 - 73
12PROPRO4AA75 - 15375 - 153
22PROPRO4BB75 - 15375 - 153
32PROPRO4CC75 - 15375 - 153
42PROPRO4DD75 - 15375 - 153

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.78227, 0.4979, 0.37437), (0.49652, 0.13542, 0.8574), (0.37619, 0.8566, -0.35315)-7.5089, 39.60962, -48.09183
2given(0.16703, 0.85411, 0.49255), (0.85507, -0.3742, 0.35892), (0.49087, 0.36121, -0.79282)-67.62688, 60.44001, 55.16491

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要素

#1: タンパク質
METALLOREGULATION DNA-BINDING STRESS PROTEIN / MRGA


分子量: 17349.264 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS SUBSP. SUBTILIS STR. 168 (枯草菌)
プラスミド: PET-28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: P37960
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細FORMS HIGHLY STABLE, MULTIMERIC PROTEIN-DNA COMPLEXES WHICH ACCUMULATE IN STATIONARY-PHASE CELLS ...FORMS HIGHLY STABLE, MULTIMERIC PROTEIN-DNA COMPLEXES WHICH ACCUMULATE IN STATIONARY-PHASE CELLS AND PROTECT AGAINST OXIDATIVE KILLING.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.12 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: OSMIC MULTILAYER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→87.71 Å / Num. obs: 44572 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 88

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MRGA MUTANT

解像度: 2→87.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 3.515 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THIS ENTRY CONTAINS SOME RESIDUE WHICH HAVE BEEN REFINED WITH AN OCCUPANCY OF 0.00 AND THEIR B-FACTORS HAVE BEEN FIXED AT 20.00.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 1262 3 %RANDOM
Rwork0.155 ---
obs0.157 41011 95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→87.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4685 0 10 403 5098
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0214788
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023034
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7721.9326507
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.31437445
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.25581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.70425.738244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.8115794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.733158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1610.2726
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025375
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02949
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.21066
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1740.22751
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.22313
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.21898
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1860.2279
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.610.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3020.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3070.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4771.53794
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.65824665
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.12932263
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1994.51842
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A913tight positional0.050.05
2B913tight positional0.060.05
3C913tight positional0.060.05
4D913tight positional0.060.05
1A989medium positional0.180.5
2B989medium positional0.150.5
3C989medium positional0.180.5
4D989medium positional0.20.5
1A913tight thermal0.290.5
2B913tight thermal0.330.5
3C913tight thermal0.290.5
4D913tight thermal0.360.5
1A989medium thermal0.952
2B989medium thermal1.092
3C989medium thermal0.952
4D989medium thermal1.212
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.36 84
Rwork0.222 2542

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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