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- PDB-2fjc: Crystal structure of antigen TpF1 from Treponema pallidum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fjc
タイトルCrystal structure of antigen TpF1 from Treponema pallidum
要素Antigen TpF1
キーワードMETAL TRANSPORT / Mini ferritin / iron binding protein / antigen (抗原)
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on metal ions / ferric iron binding
類似検索 - 分子機能
Dps protein family signature 2. / Dps protein family signature 1. / DNA-binding protein Dps, conserved site / DNA-binding protein Dps / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / フェリチン / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily ...Dps protein family signature 2. / Dps protein family signature 1. / DNA-binding protein Dps, conserved site / DNA-binding protein Dps / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / フェリチン / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Treponema pallidum (梅毒トレポネーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Thumiger, A. / Polenghi, A. / Papinutto, E. / Battistutta, R. / Montecucco, C. / Zanotti, G.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of antigen TpF1 from Treponema pallidum.
著者: Thumiger, A. / Polenghi, A. / Papinutto, E. / Battistutta, R. / Montecucco, C. / Zanotti, G.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Structure of the neutrophil-activating protein from Helicobacter pylori
著者: Zanotti, G. / Papinutto, E. / Dundon, W. / Battistutta, R. / Seveso, M. / Giudice, G. / Rappuoli, R. / Montecucco, C.
#2: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: The crystal structure of Dps, a ferritin homologue that binds and protects DNA
著者: Grant, R.A. / Filman, D.J. / Finkel, S.E. / Kolter, R. / Hogle, J.M.
#3: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: The dodecameric ferritin from listeria innocua contains a novel intersubunit iron-binding site
著者: Ilari, A. / Stefanini, S. / Chiancone, E. / Tsernoglou, D.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Structure of two iron-binding proteins from Bacillus anthracis
著者: Papinutto, E. / Dundon, W.G. / Pitulis, N. / Battistutta, R. / Montecucco, C. / Zanotti, G.
履歴
登録2006年1月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Antigen TpF1
B: Antigen TpF1
C: Antigen TpF1
D: Antigen TpF1
E: Antigen TpF1
F: Antigen TpF1
G: Antigen TpF1
H: Antigen TpF1
I: Antigen TpF1
J: Antigen TpF1
K: Antigen TpF1
L: Antigen TpF1
M: Antigen TpF1
N: Antigen TpF1
O: Antigen TpF1
P: Antigen TpF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)276,93632
ポリマ－276,04216
非ポリマー89416
水9,314517
1
A: Antigen TpF1
B: Antigen TpF1
C: Antigen TpF1
D: Antigen TpF1
E: Antigen TpF1
F: Antigen TpF1
G: Antigen TpF1
H: Antigen TpF1
I: Antigen TpF1
J: Antigen TpF1
K: Antigen TpF1
L: Antigen TpF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,70224
ポリマ－207,03212
非ポリマー67012
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area38430 Å2
ΔGint-405 kcal/mol
Surface area61210 Å2
手法PISA
2
M: Antigen TpF1
N: Antigen TpF1
O: Antigen TpF1
P: Antigen TpF1
ヘテロ分子

M: Antigen TpF1
N: Antigen TpF1
O: Antigen TpF1
P: Antigen TpF1
ヘテロ分子

M: Antigen TpF1
N: Antigen TpF1
O: Antigen TpF1
P: Antigen TpF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,70224
ポリマ－207,03212
非ポリマー67012
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
3
M: Antigen TpF1
N: Antigen TpF1
O: Antigen TpF1
P: Antigen TpF1
ヘテロ分子

M: Antigen TpF1
N: Antigen TpF1
O: Antigen TpF1
P: Antigen TpF1
ヘテロ分子

M: Antigen TpF1
N: Antigen TpF1
O: Antigen TpF1
P: Antigen TpF1
ヘテロ分子

A: Antigen TpF1
B: Antigen TpF1
C: Antigen TpF1
D: Antigen TpF1
E: Antigen TpF1
F: Antigen TpF1
G: Antigen TpF1
H: Antigen TpF1
I: Antigen TpF1
J: Antigen TpF1
K: Antigen TpF1
L: Antigen TpF1
ヘテロ分子

A: Antigen TpF1
B: Antigen TpF1
C: Antigen TpF1
D: Antigen TpF1
E: Antigen TpF1
F: Antigen TpF1
G: Antigen TpF1
H: Antigen TpF1
I: Antigen TpF1
J: Antigen TpF1
K: Antigen TpF1
L: Antigen TpF1
ヘテロ分子

A: Antigen TpF1
B: Antigen TpF1
C: Antigen TpF1
D: Antigen TpF1
E: Antigen TpF1
F: Antigen TpF1
G: Antigen TpF1
H: Antigen TpF1
I: Antigen TpF1
J: Antigen TpF1
K: Antigen TpF1
L: Antigen TpF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)830,80896
ポリマ－828,12748
非ポリマー2,68148
水86548
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation5_666x-y+1,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation6_656-x+1,-x+y,-z+11
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area160560 Å2
ΔGint-1667 kcal/mol
Surface area238150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)184.921, 184.921, 154.883
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

-
要素

#1: タンパク質
Antigen TpF1 / Antigen C1-5 / Antigen 4D


分子量: 17252.652 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Treponema pallidum (梅毒トレポネーマ)
遺伝子: tpf1 / プラスミド: pSM214G-TpF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Xl 1blue / 参照: UniProt: P16665
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 517 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% PEG 6000, 8% ethylene glycol, 0.1 M Tris buffer, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月1日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→185 Å / Num. all: 111030 / Num. obs: 111030 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 56.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.45→2.55 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 11886 / % possible all: 70.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MAR345データ収集
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1JI4

1ji4


解像度: 2.5→59.37 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 1010942.9 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 10614 10.1 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.227 105521 99.9 %-
all-105521 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.4013 Å2 / ksol: 0.349013 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4 Å24.95 Å20 Å2
2--0.4 Å20 Å2
3----0.81 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→59.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18986 0 16 517 19519
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.081.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.762
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.912
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.862.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 1788 10.3 %
Rwork0.303 15632 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater_rep.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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