PDB-2c1t: Structure of the Kap60p:Nup2 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2c1t

タイトル

Structure of the Kap60p:Nup2 complex

要素

IMPORTIN ALPHA SUBUNITImportin α
NUCLEOPORIN NUP2

キーワード

PROTEIN TRANSPORT/MEMBRANE PROTEIN /

ARMADILLO REPEAT (アルマジロリピート) / KARYOPHERIN RECYCLING / NLS RELEASE / NUCEAR IMPORT /

NUCLEAR PROTEIN /

NUCLEOPORIN (ヌクレオポリン) /

PROTEIN TRANSPORT / NUCLEAR TRANSPORT-COMPLEX /

NUCLEAR PORE COMPLEX (核膜孔) /

PHOSPHORYLATION (リン酸化) / TRANSLOCATION / PROTEIN TRANSPORT-MEMBRANE PROTEIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

proteasome localization / mRNA export from nucleus in response to heat stress / protein localization to nuclear inner membrane / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore cytoplasmic filaments / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / import into nucleus / nuclear pore nuclear basket / importin-alpha family protein binding / NLS-dependent protein nuclear import complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Matsuura, Y. / Stewart, M.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2005
タイトル: Nup50/Npap60 Function in Nuclear Import Complex Disassembly and Importin Recycling
著者: Matsuura, Y. / Stewart, M.

履歴

登録	2005年9月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2c1t.cif.gz	190.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2c1t.ent.gz	151.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2c1t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/2c1t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/2c1t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2c1mC 1ee4S 1bk5 1bk6 1ee5 1un0 1wa5 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1un0-2 1un0-1 3tj3-1 2c1m-d 4e4v-1 4bqk-2 5kwb-d 3tj3-2 2yns-2 4bpl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#85 - 2007年1月インポーチン (Importins) 類似性 (12) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (3) #99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (4) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (2)

登録構造単位

A: IMPORTIN ALPHA SUBUNIT

B: IMPORTIN ALPHA SUBUNIT

C: NUCLEOPORIN NUP2

D: NUCLEOPORIN NUP2

112 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: IMPORTIN ALPHA SUBUNIT

C: NUCLEOPORIN NUP2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: IMPORTIN ALPHA SUBUNIT

D: NUCLEOPORIN NUP2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	129.813, 140.076, 63.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	6	A	88 - 90
2	1	1	6	B	88 - 90
1	1	2	1	A	91 - 116
2	1	2	1	B	91 - 116
1	1	3	4	A	117 - 123
2	1	3	4	B	117 - 123
1	1	4	1	A	124 - 161
2	1	4	1	B	124 - 161
1	1	5	1	A	162 - 203
2	1	5	1	B	162 - 203
1	1	6	1	A	204 - 246
2	1	6	1	B	204 - 246
1	1	7	1	A	247 - 287
2	1	7	1	B	247 - 287
1	1	8	1	A	288 - 327
2	1	8	1	B	288 - 327
1	2	8	4	A	328 - 332
2	2	8	4	B	328 - 332
1	1	9	1	A	333 - 414
2	1	9	1	B	333 - 414
1	2	9	4	A	415 - 416
2	2	9	4	B	415 - 416
1	1	10	1	A	417 - 490
2	1	10	1	B	417 - 490
1	2	10	3	A	491
2	2	10	3	B	491
1	3	10	1	A	492 - 510
2	3	10	1	B	492 - 510
1	1	11	5	C	2 - 3
2	1	11	5	D	2 - 3
1	2	11	1	C	4 - 14
2	2	11	1	D	4 - 14
1	3	11	5	C	15 - 17
2	3	11	5	D	15 - 17
1	1	12	6	C	25 - 29
2	1	12	6	D	25 - 29
1	2	12	6	C	30 - 42
2	2	12	6	D	30 - 42
1	3	12	6	C	43 - 45
2	3	12	6	D	43 - 45

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

#1: タンパク質	IMPORTIN ALPHA SUBUNIT / Importin α / KAP60P / KARYOPHERIN ALPHA SUBUNIT / SERINE-RICH RNA POLYMERASE I SUPPRESSOR PROTEIN 分子量: 50189.902 Da / 分子数: 2 / 断片: ARM DOMAIN, RESIDUES 88-541 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q02821
#2: タンパク質	NUCLEOPORIN NUP2 / NUP2P / NUCLEAR PORE PROTEIN NUP2 / P95 分子量: 5813.649 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-51 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P32499
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	IMPORTIN ALPHA SUBUNIT: SPECIFICALLY BINDS TO SUBSTRATES CONTAINING NLS MOTIF AND PROMOTES DOCKING ...IMPORTIN ALPHA SUBUNIT: SPECIFICALLY BINDS TO SUBSTRATES CONTAINING NLS MOTIF AND PROMOTES DOCKING OF IMPORT SUBSTRATES TO THE NUCLEAR ENVELOPE. NUCLEOPORIN NUP2: WORKS AS A COMPONENT OF THE NUCLEAR PORE COMPLEX (NPC). ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 397 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 397 TO ASP
配列の詳細	RESIDUES 1 TO 87 REMOVED. Y397D INTRODUCED MUTATION ONLY RESIDUES 1 TO 51 PRESENT

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化	pH: 6.8 詳細: EXPERIMENTAL DETALS GIVEN IN ENTRY 1UN0 AND IN MATSUURA ET AL, EMBO J, 22, 5358, 2003., pH 6.80

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.978
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 29670 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EE4

1ee4

解像度: 2.6→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 10.848 / SU ML: 0.229 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.673 / ESU R Free: 0.31 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.251	1806	5.1 %	RANDOM
R_work	0.203	-	-	-
obs	0.205	33802	97.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.39 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.68 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7122	0	0	151	7273

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	7226
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6742
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.741	1.965	9810
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.023	3	15734
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.378	5	915
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	1166
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	7947
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1269
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	1911
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.231	0.2	7933
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.091	0.2	4064
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.229	0.2	172
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.199	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.303	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.447	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.069	4	4601
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.862	6	7454
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.811	5	2625
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.614	10	2356
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
2	A	396	tight positional	0.09	0.1
4	A	576	tight positional	0.08	0.1
5	A	605	tight positional	0.08	0.1
6	A	655	tight positional	0.09	0.1
7	A	605	tight positional	0.09	0.1
8	A	623	tight positional	0.09	0.1
9	A	1196	tight positional	0.1	0.1
10	A	1440	tight positional	0.09	0.1
11	C	173	tight positional	0.09	0.1
3	A	120	medium positional	0.37	0.4
8	A	55	medium positional	0.33	0.4
9	A	34	medium positional	0.44	0.4
11	C	29	medium positional	0.38	0.4
1	A	47	loose positional	0.53	0.7
10	A	9	loose positional	1.35	0.7
11	C	41	loose positional	0.59	0.7
12	C	295	loose positional	0.57	0.7
2	A	396	tight thermal	13.71	15
4	A	576	tight thermal	12.06	15
5	A	605	tight thermal	10	15
6	A	655	tight thermal	9.94	15
7	A	605	tight thermal	9.1	15
8	A	623	tight thermal	8.31	15
9	A	1196	tight thermal	6.67	15
10	A	1440	tight thermal	14.52	15
11	C	173	tight thermal	5.83	15
3	A	120	medium thermal	3.92	15
8	A	55	medium thermal	13.66	15
9	A	34	medium thermal	6.84	15
11	C	29	medium thermal	6.53	15
1	A	47	loose thermal	11.82	12
10	A	9	loose thermal	7.31	12
11	C	41	loose thermal	9.18	12
12	C	295	loose thermal	7.71	12

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.366	130
R_work	0.295	2434

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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