+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2c0e | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of PDI-related Chaperone, Wind with his-tag on C-terminus. | ||||||
要素 | WINDBEUTEL PROTEINProfiterole | ||||||
キーワード | CHAPERONE (シャペロン) / WIND (風) / WINDBEUTEL / PDI-DBETA / PDI / PROTEIN DISULFIDE ISOMERASE (プロテインジスルフィドイソメラーゼ) / PIPE / DORSAL-VENTRAL PATTERNING / WIND MUTANTS / DEVELOPMENTAL PROTEIN (ヒトの発達) / ENDOPLASMIC RETICULUM (小胞体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 maternal specification of dorsal/ventral axis, oocyte, soma encoded / dorsal/ventral axis specification / protein folding in endoplasmic reticulum / embryo development ending in birth or egg hatching / protein secretion / regulation of multicellular organism growth / 細胞内膜系 / 小胞体 / 小胞体 / protein homodimerization activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Sevvana, M. / Ma, Q. / Barnewitz, K. / Guo, C. / Soling, H.-D. / Ferrari, D.M. / Sheldrick, G.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006 タイトル: Structural Elucidation of the Pdi-Related Chaperone Wind with the Help of Mutants. 著者: Sevvana, M. / Biadene, M. / Ma, Q. / Guo, C. / Soling, H.-D. / Sheldrick, G.M. / Ferrari, D.M. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: Crystal Structure and Functional Analysis of Drosophila Wind, a Protein-Disulfide Isomerase-Related Protein 著者: Ma, Q. / Guo, C. / Barnewitz, K. / Sheldrick, G.M. / Soeling, H.-D. / Uson, I. / Ferrari, D.M. / Sheldrick, G.M. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004 タイトル: Mapping of a Sustrate Binding Site in the Protein Disulfide Isomerase-Related Chaperone Wind Based on Protein Function and Crystal Structure 著者: Barnewitz, K. / Guo, C. / Sevvana, M. / Ma, Q. / Sheldrick, G.M. / Soeling, H.-D. / Ferrari, D.M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2c0e.cif.gz | 181.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2c0e.ent.gz | 143.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2c0e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/2c0e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/2c0e | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Refine code: 5
NCSアンサンブル:
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28547.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: WIND WITH HIS-TAG ON C-TERMINUS 由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) プラスミド: PQE-30 (QIAGEN) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-BLUE / 参照: UniProt: O44342 #2: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | POSSIBLE CHAPERONE PROTEIN INVOLVED IN DORSOVENTR | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % |
---|---|
結晶化 | pH: 6.2 詳細: PROTEIN: 15.0MG/ML WIND IN 5MM HEPES PH7.5, 25MM NACL, 0.0025%(V/V) BETA-MERCAPTOETHANOL RESERVOIR: 0.1M MES PH6.1, 50MM NACL, 18%(V/V) PEG 400 CRYO: 0.1M MES PH6.1, 25%(V/V) PEG 400, 10%(V/V) ...詳細: PROTEIN: 15.0MG/ML WIND IN 5MM HEPES PH7.5, 25MM NACL, 0.0025%(V/V) BETA-MERCAPTOETHANOL RESERVOIR: 0.1M MES PH6.1, 50MM NACL, 18%(V/V) PEG 400 CRYO: 0.1M MES PH6.1, 25%(V/V) PEG 400, 10%(V/V)GLYCEROL, 50MM NACL, pH 6.20 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.8976 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年12月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→20 Å / Num. obs: 19292 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.11 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 20.05 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.45 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Mean I/σ(I) obs: 9.46 / % possible all: 99.2 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1OVN 解像度: 2.35→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / SU B: 17.576 / SU ML: 0.214 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.419 / ESU R Free: 0.296 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.85 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|