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- PDB-2bx8: Human serum albumin complexed with azapropazone -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bx8
タイトルHuman serum albumin complexed with azapropazone
要素SERUM ALBUMIN
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / ALBUMIN (アルブミン) / CARRIER PROTEIN / LIPID-BINDING / FATTY ACID (脂肪酸) / METAL- BINDING / DRUG-BINDING / AZAPROPAZONE (アザプロパゾン) / TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / ヘム / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / ヘム / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / small molecule binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / cellular response to starvation / platelet alpha granule lumen / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / copper ion binding / 小胞体 / ゴルジ体 / 小胞体 / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
アザプロパゾン / アルブミン
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ghuman, J. / Zunszain, P.A. / Petitpas, I. / Bhattacharya, A.A. / Curry, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Structural Basis of the Drug-Binding Specificity of Human Serum Albumin.
著者: Ghuman, J. / Zunszain, P.A. / Petitpas, I. / Bhattacharya, A.A. / Otagiri, M. / Curry, S.
履歴
登録2005年7月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02018年5月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / diffrn_source / entity
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.formula_weight
改定 2.12019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.22019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERUM ALBUMIN
B: SERUM ALBUMIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,3446
ポリマ－133,1422
非ポリマー1,2014
水0
1
A: SERUM ALBUMIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1723
ポリマ－66,5711
非ポリマー6012
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: SERUM ALBUMIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1723
ポリマ－66,5711
非ポリマー6012
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)54.200, 54.950, 119.903
Angle α, β, γ (deg.)81.21, 91.07, 64.75
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.4369, 0.8991, 0.0258), (0.899, -0.4374, 0.0194), (0.0288, 0.0147, -0.9995)
ベクター: -47.6072, -33.1096, 57.3403)

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要素

#1: タンパク質 SERUM ALBUMIN / / HUMAN SERUM ALBUMIN


分子量: 66571.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: PLASMA / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 参照: UniProt: P02768
#2: 化合物
ChemComp-AZQ / AZAPROPAZONE / アザプロパゾン


分子量: 300.356 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H20N4O2 / コメント: 抗炎症剤*YM
配列の詳細SEQUENCE IS FOR PRE-CURSOR. MATURE POLYPEPTIDE WAS CRYSTALLISED (WHICH LACKS SIGNAL AND PROPEPTIDES ...SEQUENCE IS FOR PRE-CURSOR. MATURE POLYPEPTIDE WAS CRYSTALLISED (WHICH LACKS SIGNAL AND PROPEPTIDES - RESIDUES 1-24)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.00

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.81
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.81 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→41.5 Å / Num. obs: 32332 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 54.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E78

1e78


解像度: 2.7→41.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1038934.58 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF
詳細: AZP AND AZQ IN THE TOPOLOGY THE DRUG AZAPROPAZONE BUT REFER TO THE DIFFERENT PUCKERS OF THE FUSED RING SYSTEM. AZQ.TOP AND AZQ.PAR WERE USED FOR A2001, WHILE AZP.TOP AND AZP.PAR WERE USED FOR A2002
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 1528 4.7 %RANDOM
Rwork0.237 ---
obs0.237 32325 95.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.304 Å2 / ksol: 0.277814 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 77.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.67 Å2-10.04 Å28.36 Å2
2--3.29 Å2-7.8 Å2
3----10.96 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.56 Å0.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→41.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8581 0 88 0 8669
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 235 4.4 %
Rwork0.354 5145 -
obs--95.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2AZQ.PARAZQ.TOP
X-RAY DIFFRACTION3AZP.PARAZP.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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