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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2bp2 | ||||||
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タイトル | THE STRUCTURE OF BOVINE PANCREATIC PROPHOSPHOLIPASE A2 AT 3.0 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
要素 | PHOSPHOLIPASE A2ホスホリパーゼA2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE ZYMOGEN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PG / Synthesis of PA / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PE / Acyl chain remodelling of PI / positive regulation of podocyte apoptotic process / phosphatidylglycerol metabolic process / phosphatidylcholine metabolic process / calcium-dependent phospholipase A2 activity ...Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PG / Synthesis of PA / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PE / Acyl chain remodelling of PI / positive regulation of podocyte apoptotic process / phosphatidylglycerol metabolic process / phosphatidylcholine metabolic process / calcium-dependent phospholipase A2 activity / ホスホリパーゼA2 / bile acid binding / arachidonic acid secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / innate immune response in mucosa / phospholipid binding / fatty acid biosynthetic process / positive regulation of fibroblast proliferation / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / defense response to Gram-positive bacterium / signaling receptor binding / calcium ion binding / 細胞膜 / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Dijkstra, B.W. / Vannes, G.J.H. / Kalk, K.H. / Brandenburg, N.P. / Hol, W.G.J. / Drenth, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1982 タイトル: The Structure of Bovine Pancreatic Prophospholipase A2 at 3.0 Angstroms Resolution 著者: Dijkstra, B.W. / Vannes, G.J.H. / Kalk, K.H. / Brandenburg, N.P. / Hol, W.G.J. / Drenth, J. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1981 タイトル: Structure of Bovine Pancreatic Phospholipase A2 at 1.7 Angstroms Resolution 著者: Dijkstra, B.W. / Kalk, K.H. / Hol, W.G.J. / Drenth, J. #2: ジャーナル: Nature / 年: 1981 タイトル: Active Site and Catalytic Mechanism of Phospholipase A2 著者: Dijkstra, B.W. / Drenth, J. / Kalk, K.H. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1978 タイトル: Three-Dimensional Structure and Disulfide Bond Connections in Bovine Pancreatic Phospholipase A2 著者: Dijkstra, B.W. / Drenth, J. / Kalk, K.H. / Vandermaelen, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2bp2.cif.gz | 35.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2bp2.ent.gz | 24.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2bp2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/2bp2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/2bp2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: SEE REMARK 8 ABOVE. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14539.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00593 |
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構成要素の詳細 | THE ZYMOGEN PROPHOSPHOLIPASE A2 CONTAINS SEVEN EXTRA RESIDUES AT THE N-TERMINUS COMPARED WITH THE ...THE ZYMOGEN PROPHOSPHO |
配列の詳細 | SEQUENCE NUMBERING IS THE SAME AS FOR THE ACTIVE ENZYME, I. E. THE FIRST RESIDUE IS NUMBERED -7. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.9 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.6 / 手法: unknown / 詳細: Dijkstra, B.W., (1978) J.Mol.Biol., 124, 53. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.219 / 最高解像度: 3 Å 詳細: RESIDUES 1 TO 3 INCLUSIVE AND 62 TO 73 INCLUSIVE ARE VIRTUALLY INVISIBLE IN ELECTRON DENSITY MAPS AND ARE PROBABLY DISORDERED. THE COORDINATES GIVEN BELOW FOR THESE RESIDUES CONTAIN, THEREFORE, VERY LARGE ERRORS. | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 3 Å
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 7.1 Å / Rfactor obs: 0.219 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |