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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2bh1 | ||||||
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タイトル | X-ray structure of the general secretion pathway complex of the N- terminal domain of EpsE and the cytosolic domain of EpsL of Vibrio cholerae | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / TYPE II SECRETION / VIBRIO CHOLERAE (コレラ菌) / EPS / GSP / TRANSMEMBRANE (膜貫通型タンパク質) / TRANSPORT / ATP-BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein-exporting ATPase activity / Gram-negative-bacterium-type cell wall / protein-secreting ATPase / protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | VIBRIO CHOLERAE (コレラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Abendroth, J. / Murphy, P.M. / Mushtaq, A. / Bagdasarian, M. / Sandkvist, M. / Hol, W.G.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005 タイトル: The X-Ray Structure of the Type II Secretion System Complex Formed by the N-Terminal Domain of Epse and the Cytoplasmic Domain of Epsl of Vibrio Cholerae 著者: Abendroth, J. / Murphy, P.M. / Mushtaq, A. / Bagdasarian, M. / Sandkvist, M. / Hol, W.G.J. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2bh1.cif.gz | 135.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2bh1.ent.gz | 104.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2bh1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/2bh1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/2bh1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Refine code: 6
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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詳細 | FOR THE HETERO_ASSEMBLY DESCRIBED BY REMARK 350 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27983.732 Da / 分子数: 2 / 断片: CYTOPLASMIC DOMAIN, RESIDUES 5-246 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) VIBRIO CHOLERAE (コレラ菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P45782 #2: タンパク質 | 分子量: 11187.723 Da / 分子数: 2 / 断片: DOMAIN N1, RESIDUES 1-96 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) VIBRIO CHOLERAE (コレラ菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37093 #3: 化合物 | ChemComp-CA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % |
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結晶化 | pH: 5.5 詳細: 200MM CAOAC2, 100MM BISTRIS PH5.5, 25% PEG 3350, pH 5.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9999 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 27927 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1W97 解像度: 2.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 21.652 / SU ML: 0.253 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.412 / ESU R Free: 0.268 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.05 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
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拘束条件 |
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