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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2beb | ||||||
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タイトル | X-ray structure of Asn to Thr mutant of Winged Bean Chymotrypsin inhibitor | ||||||
要素 | Chymotrypsin inhibitor 3 | ||||||
キーワード | HYDROLASE INHIBITOR / Beta barrel (Βバレル) / spacer / Mutant (ミュータント (人類)) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Psophocarpus tetragonolobus (シカクマメ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å | ||||||
データ登録者 | Dattagupta, J.K. / Sen, U. / Dasgupta, J. / Khamrui, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006 タイトル: Spacer Asn Determines the Fate of Kunitz (STI) Inhibitors, as Revealed by Structural and Biochemical Studies on WCI Mutants. 著者: Dasgupta, J. / Khamrui, S. / Dattagupta, J.K. / Sen, U. #1: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2005 タイトル: Single mutation at P1 of a chymotrypsin inhibitor changes it to a trypsin inhibitor: X-ray structural (2.15 A) and biochemical basis. 著者: Khamrui, S. / Dasgupta, J. / Dattagupta, J.K. / Sen, U. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2beb.cif.gz | 80.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2beb.ent.gz | 65.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2beb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/2beb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/2beb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20661.332 Da / 分子数: 2 / 変異: N17T / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Psophocarpus tetragonolobus (シカクマメ) 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P10822 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.16 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 5% PEG 4000, 50 mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年2月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→15 Å / Num. all: 9973 / Num. obs: 9349 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 84.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 |
-解析
ソフトウェア | 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.81→14.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 1945470.32 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 24.0801 Å2 / ksol: 0.284467 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.81→14.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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