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万見
- PDB-2ba0: Archaeal exosome core -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ba0
タイトルArchaeal exosome core
要素
  • Archaeal exosome RNA binding protein RRP4
  • Archaeal exosome RNA binding protein RRP41
  • Archaeal exosome RNA binding protein RRP42
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / EXOSOME / RNASE PH / RNA DEGRADATION / EXORIBONUCLEASE / RNA BINDING (リボ核酸) / S1DOMAIN / KH DOMAIN (KHドメイン) / ARCHAEAL (古細菌)
機能・相同性
機能・相同性情報


exosome (RNase complex) / poly(A) binding / RNA catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Exosome complex component Rrp4 / Exosome complex component Rrp41 / Exosome complex component Rrp42, archaea / Exosome complex RNA-binding protein 1/RRP40/RRP4 / KHドメイン / GHMP Kinase, N-terminal domain / K Homology domain, type 1 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 ...Exosome complex component Rrp4 / Exosome complex component Rrp41 / Exosome complex component Rrp42, archaea / Exosome complex RNA-binding protein 1/RRP40/RRP4 / KHドメイン / GHMP Kinase, N-terminal domain / K Homology domain, type 1 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 / KHドメイン / RNA-binding domain, S1 / K Homology domain, type 1 / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / Nucleic acid-binding proteins / KHドメイン / K homology RNA-binding domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold / Βバレル / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Exosome complex component Rrp42 / Exosome complex component Rrp41 / Exosome complex component Rrp4
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Buttner, K. / Wenig, K. / Hopfner, K.P.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2005
タイトル: Structural framework for the mechanism of archaeal exosomes in RNA processing.
著者: Buttner, K. / Wenig, K. / Hopfner, K.P.
履歴
登録2005年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Refinement description
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
改定 1.42024年2月14日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Archaeal exosome RNA binding protein RRP4
B: Archaeal exosome RNA binding protein RRP4
C: Archaeal exosome RNA binding protein RRP4
F: Archaeal exosome RNA binding protein RRP41
E: Archaeal exosome RNA binding protein RRP41
D: Archaeal exosome RNA binding protein RRP41
I: Archaeal exosome RNA binding protein RRP42
H: Archaeal exosome RNA binding protein RRP42
G: Archaeal exosome RNA binding protein RRP42


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,4689
ポリマ－249,4689
非ポリマー00
水1,820101
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29110 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area89380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.570, 129.590, 102.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.56, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Archaeal exosome RNA binding protein RRP4


分子量: 25589.895 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属)
プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 / 参照: UniProt: O29758
#2: タンパク質 Archaeal exosome RNA binding protein RRP41


分子量: 28888.348 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属)
プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3
参照: UniProt: O29757, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#3: タンパク質 Archaeal exosome RNA binding protein RRP42


分子量: 28677.609 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属)
プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3
参照: UniProt: O29756, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.47 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.1M HEPES, 35% MPD, 10mM CaCl2, 15% Glycerol, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID2910.979
シンクロトロンESRF ID14-120.933
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2005年5月1日
ADSC QUANTUM 42CCD2005年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.9331
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. all: 69958 / Num. obs: 69958 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / % possible all: 84.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ProDCデータ収集
XDSデータ削減
SHELXS位相決定
CNS1.1精密化
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→20 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.264 3589 RANDOM
Rwork0.216 --
all-69955 -
obs-69955 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16818 0 0 101 16919
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.38
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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