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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2b9y | ||||||
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タイトル | Crystal structure of CLA-producing fatty acid isomerase from P. acnes | ||||||
要素 | putative aminooxidase | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / conjugated linoleic acid (共役リノール酸) / fad | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Propionibacterium acnes (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å | ||||||
データ登録者 | Rudolph, M.G. / Liavonchanka, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006 タイトル: Structure and mechanism of the Propionibacterium acnes polyunsaturated fatty acid isomerase 著者: Liavonchanka, A. / Hornung, E. / Feussner, I. / Rudolph, M.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2b9y.cif.gz | 114.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2b9y.ent.gz | 87 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2b9y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/2b9y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/2b9y | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 49081.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Propionibacterium acnes (バクテリア) 株: BL21(DE3) / プラスミド: pGEX 6-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 50842522, UniProt: Q6A8X5*PLUS |
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-非ポリマー , 5種, 522分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-FAD / | #5: 化合物 | ChemComp-BU1 / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.91 % |
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結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 2% 1,4-butanediol, 0.02M Bis-Tris, 2M lithium sulphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 32918 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / % possible all: 49.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.21→42.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 4.772 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.165 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.21→42.87 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.213→2.27 Å / Total num. of bins used: 20
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