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万見
- PDB-2ayi: Wild-type AmpT from Thermus thermophilus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ayi
タイトルWild-type AmpT from Thermus thermophilus
要素Aminopeptidase T
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / aminopeptidase / metallopeptidase (金属プロテアーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アミノペプチターゼ / aminopeptidase activity / metallopeptidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Thermophilic metalloprotease-like / Thermophilic metalloprotease (M29) / Peptidase M29 / Peptidase M29, N-terminal / Thermophilic metalloprotease (M29) / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Odintsov, S.G. / Sabala, I. / Bourenkov, G. / Rybin, V. / Bochtler, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Substrate Access to the Active Sites in Aminopeptidase T, a Representative of a New Metallopeptidase Clan.
著者: Odintsov, S.G. / Sabala, I. / Bourenkov, G. / Rybin, V. / Bochtler, M.
履歴
登録2005年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminopeptidase T
B: Aminopeptidase T
C: Aminopeptidase T
D: Aminopeptidase T
E: Aminopeptidase T
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,05415
ポリマ－225,4005
非ポリマー65410
水0
1
A: Aminopeptidase T
B: Aminopeptidase T
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,4226
ポリマ－90,1602
非ポリマー2624
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3660 Å2
ΔGint-185 kcal/mol
Surface area36580 Å2
手法PISA
2
C: Aminopeptidase T
ヘテロ分子

C: Aminopeptidase T
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,4226
ポリマ－90,1602
非ポリマー2624
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
3
D: Aminopeptidase T
E: Aminopeptidase T
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,4226
ポリマ－90,1602
非ポリマー2624
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3690 Å2
ΔGint-184 kcal/mol
Surface area36390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)246.472, 246.472, 51.135
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number77
Space group name H-MP42

-
要素

#1: タンパク質
Aminopeptidase T / AP-T / Heat stable aminopeptidase


分子量: 45080.012 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
遺伝子: AmpT / プラスミド: pET15bmod / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL
参照: UniProt: P42778, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アミノペプチターゼ
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化温度: 294 K / pH: 8.5
詳細: Tris, calcium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K, pH 8.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.283
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.283 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→20 Å / Num. obs: 32955 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 3.7→3.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.184 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.184 / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZJC

1zjc


解像度: 3.7→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.321 1629 RANDOM
Rwork0.308 --
obs0.308 32953 -
all-32953 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15465 0 10 0 15475

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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