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- PDB-2ajs: Crystal structure of cocaine catalytic antibody 7A1 Fab' in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ajs
タイトルCrystal structure of cocaine catalytic antibody 7A1 Fab' in complex with heptaethylene glycol
要素(Antibody 7A1 ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / CATALYTIC Antibody (抗体酵素) / Fab / COCAINE (コカイン) / HYDROLYTIC (加水分解) / Heptaethylene glycol
機能・相同性
機能・相同性情報


B cell differentiation / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain ...Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa constant / IgG-2a protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Zhu, X. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Complete reaction cycle of a cocaine catalytic antibody at atomic resolution.
著者: Zhu, X. / Dickerson, T.J. / Rogers, C.J. / Kaufmann, G.F. / Mee, J.M. / McKenzie, K.M. / Janda, K.D. / Wilson, I.A.
履歴
登録2005年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE The sequence of these proteins are not available at any sequence database at the time of processing.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Antibody 7A1 FAB'
H: Antibody 7A1 FAB'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7168
ポリマ－47,9252
非ポリマー7916
水7,296405
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5320 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area19750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.107, 88.107, 135.397
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 LH

#1: 抗体 Antibody 7A1 FAB'


分子量: 24059.611 Da / 分子数: 1 / 断片: IMMUNOGLOBULIN IGG1 kappa light chain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01837*PLUS
#2: 抗体 Antibody 7A1 FAB'


分子量: 23865.783 Da / 分子数: 1 / 断片: IMMUNOGLOBULIN IGG1 HEAVY CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q5M842*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 411分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.4 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 400, ammonium sulfate, Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.983969 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月21日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.983969 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 59095 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Χ2: 1.401
反射 シェル
解像度 (Å)% possible obs (%)Rmerge(I) obsNum. measured obsΧ2Diffraction-ID
1.7-1.761000.78758201.1431
1.76-1.831000.52458301.1571
1.83-1.911000.33958311.2381
1.91-2.021000.22358251.3561
2.02-2.1499.90.15258581.4371
2.14-2.311000.10858791.3461
2.31-2.541000.08258951.3751
2.54-2.911000.06559351.7951
2.91-3.6699.80.0460151.8161
3.66-5098.40.02662071.3421

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.1.9999精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1CLO

1clo


解像度: 1.7→22.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 4.431 / SU ML: 0.074 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 2985 5.1 %RANDOM
Rwork0.209 ---
all0.21 ---
obs-59023 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.306 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→22.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3373 0 51 405 3829
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223504
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3261.9464761
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4035428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.22623.796137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.17215555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1831517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2538
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022580
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.21535
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1260.2331
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2390.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1790.228
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9151.52227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4823544
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.17631481
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1664.51217
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.745 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.354 233
Rwork0.326 3977
all-4210
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.19350.03850.0770.7384-0.19170.3052-0.00780.0169-0.01220.02050.01970.0041-0.01950.0313-0.0118-0.0049-0.00360-0.02980.0042-0.000821.02761.5984-17.2951
20.2333-0.0647-0.24470.3674-0.25730.907-0.0026-0.0022-0.02450.06120.0460.0741-0.1574-0.0352-0.04340.01820.02490.0316-0.02550.01580.00438.596147.680515.2643
30.33310.1807-0.16070.7268-0.03850.519-0.02880.02890.03250.13210.0204-0.0012-0.00760.03120.00840.0283-0.001-0.0131-0.0665-0.0034-0.005621.880180.0432-5.8599
40.5121-0.25530.08931.4278-0.64510.66050.0447-0.0561-0.0360.3202-0.0232-0.043-0.18580.0825-0.02150.0999-0.0077-0.0039-0.0776-0.0185-0.071619.185959.641718.0524
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LA1 - 1101 - 115
22LA111 - 211116 - 216
33HB1 - 1101 - 116
44HB111 - 228117 - 219

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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