+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2a7q | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of human dCK complexed with clofarabine and ADP | ||||||
要素 | Deoxycytidine kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / alpha/beta parallel beta-sheet of 5 strands | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity ...deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity / pyrimidine nucleotide metabolic process / Purine salvage / リン酸化 / protein homodimerization activity / ミトコンドリア / 核質 / ATP binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, Y. / Secrist III, J.A. / Ealick, S.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006 タイトル: The structure of human deoxycytidine kinase in complex with clofarabine reveals key interactions for prodrug activation. 著者: Zhang, Y. / Secrist, J.A. / Ealick, S.E. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2a7q.cif.gz | 64.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2a7q.ent.gz | 45.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2a7q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/2a7q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/2a7q | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 1p61S S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | The biological assembly is a dimer with the second monomer generated by the operation: -y, -x, -z+1/2 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30834.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCK / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P27707, deoxycytidine kinase |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-ADP / |
#4: 化合物 | ChemComp-CFB / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: sodium citrate, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月29日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→500 Å / Num. all: 9726 / Num. obs: 9726 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 29.2 Å2 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 35.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / Num. unique all: 557 / Rsym value: 0.161 / % possible all: 54.6 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1P61 解像度: 2.55→48.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 462177.47 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 62.4184 Å2 / ksol: 0.361286 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 72.4 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→48.49 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.55→2.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.054 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|