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- PDB-2a4k: 3-Oxoacyl-[acyl carrier protein] reductase from Thermus thermophi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a4k
タイトル3-Oxoacyl-[acyl carrier protein] reductase from Thermus thermophilus TT0137
要素3-oxoacyl-[acyl carrier protein] reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / reductase (還元酵素) / hyperthermophile (超好熱菌) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.301 Å
データ登録者Zhou, W. / Ebihara, A. / Tempel, W. / Yokoyama, S. / Chen, L. / Kuramitsu, S. / Nguyen, J. / Chang, S.-H. / Liu, Z.-J. / Rose, J.P. ...Zhou, W. / Ebihara, A. / Tempel, W. / Yokoyama, S. / Chen, L. / Kuramitsu, S. / Nguyen, J. / Chang, S.-H. / Liu, Z.-J. / Rose, J.P. / Wang, B.-C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG) / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 3-Oxoacyl-[acyl carrier protein] reductase from Thermus thermophilus TT0137
著者: Zhou, W. / Ebihara, A. / Tempel, W. / Yokoyama, S. / Chen, L. / Kuramitsu, S. / Nguyen, J. / Chang, S.-H. / Liu, Z.-J. / Rose, J.P. / Wang, B.-C.
履歴
登録2005年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月2日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl carrier protein] reductase
B: 3-oxoacyl-[acyl carrier protein] reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,10630
ポリマ－54,1062
非ポリマー028
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3040 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area18770 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)55.013, 91.565, 54.847
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.24, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 3-oxoacyl-[acyl carrier protein] reductase


分子量: 27053.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: GenBank: 55978203, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 28 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: modified microbatch / pH: 5.5
詳細: 0.1M citrate, 30v/v% 1,4-butanediol, pH 5.5, modified microbatch, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→53.19 Å / Num. obs: 118284 / Scaling rejects: 2538

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.55 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.213
最高解像度最低解像度
Translation4 Å15 Å
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
8.37-10019.40.58507
6.62-8.3711.50.704513
5.77-6.6211.10.656507
5.23-5.7710.80.688521
4.82-5.2310.40.727536
4.49-4.8210.30.783597
4.23-4.4912.50.757630
4-4.2311.50.746693
3.81-414.10.724708
3.64-3.8110.80.763729
3.5-3.64110.741780
3.36-3.511.90.721810
3.25-3.36140.635807
3.14-3.2513.40.597882
3.05-3.1413.60.595868
2.96-3.0511.60.6957
2.88-2.9613.80.598945
2.8-2.8812.20.61945
2.74-2.811.90.6491004
2.67-2.7412.30.6351040
2.61-2.6712.90.6321030
2.56-2.6112.40.6271076
2.5-2.5612.50.651066
2.45-2.512.50.6361140
2.41-2.4513.60.6371067
2.36-2.4116.30.5891058
2.29-2.36180.5861263

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
3DSCALEdata processing
EPMR2.5位相決定
直接法5位相決定
REFMACrefmac_5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.401データ抽出
LSCALEデータスケーリング
ARP/wARPモデル構築
MolProbityモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1uls

1uls


解像度: 2.301→46.078 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / WRfactor Rfree: 0.254 / WRfactor Rwork: 0.221 / SU B: 5.821 / SU ML: 0.15 / SU R Cruickshank DPI: 0.299 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.299 / ESU R Free: 0.223
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Other software used in refinement are arp, warp and molprobity.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2478 713 3.146 %THIN SHELLS
Rwork0.2145 ---
all0.216 ---
obs-22665 96.624 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 21.364 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.004 Å20 Å2-0.003 Å2
2--0.048 Å20 Å2
3----0.054 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.301→46.078 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3115 0 28 60 3203
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223155
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4341.9844282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9365433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.19623.67109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.02515484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2871521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2527
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022322
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1850.21245
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2820.22133
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1230.2118
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1290.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1440.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9322225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.93833363
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.10821059
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0993919
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.301-2.3610.217310.1831138173067.572
2.361-2.4250.265620.1821504169592.389
2.425-2.4950.255310.1791549161497.893
2.495-2.5720.245620.181498156699.617
2.572-2.6560.238620.191470154199.416
2.656-2.7490.266310.1951485151899.868
2.749-2.8520.3550.21213701425100
2.852-2.9680.344380.2471349139199.712
2.968-3.0990.201310.2561277131299.695
3.099-3.250.28620.2631242130599.923
3.25-3.4250.252310.2431164119799.833
3.425-3.6310.246310.1961102113899.561
3.631-3.880.162310.2111032107299.16
3.88-4.1890.289310.205985102599.122
4.189-4.5850.256310.19489793099.785
4.585-5.120.272310.20178982699.274
5.12-5.90.279310.24169773399.318
5.9-7.19600.27363663799.843
7.196-10.0550.163310.20247150499.603
10.055-46.07800.27629729899.664

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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