PDB-2a18: carboxysome shell protein ccmK4, crystal form 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2a18

タイトル

carboxysome shell protein ccmK4, crystal form 2

要素

Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 4

キーワード

carboxysome (カルボキシソーム) / cyclic hexamer / c6 point symmetry

機能・相同性

機能・相同性情報

structural constituent of carboxysome shell /

カルボキシソーム /

炭素固定 /

光合成
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.28 Å

データ登録者

Kerfeld, C.A. / Sawaya, M.R. / Tanaka, S. / Nguyen, C.V. / Phillips, M. / Beeby, M. / Yeates, T.O.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2005
タイトル: Protein structures forming the shell of primitive bacterial organelles
著者: Kerfeld, C.A. / Sawaya, M.R. / Tanaka, S. / Nguyen, C.V. / Phillips, M. / Beeby, M. / Yeates, T.O.

履歴

登録	2005年6月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年8月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2a18.cif.gz	72.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2a18.ent.gz	53.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2a18.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/2a18 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/2a18	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2a10SC 2a1bC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6scr-1 2a10-d 3ssq-d 3sss-d 5vgu-1 4ox7-d 4ox6-1 6nlu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (7) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (4) #135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 4

B: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 4

C: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 4

ヘテロ分子

40.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 4

B: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 4

C: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 4

ヘテロ分子

A: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 4

B: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 4

C: Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
80.8 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.549, 125.040, 32.521
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Cell setting	orthorhombic
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
1	2	A
2	2	B
3	2	C
1	3	A
2	3	B
3	3	C
1	4	A
2	4	B
3	4	C
1	5	A
2	5	B
3	5	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLN	GLN	GLY	GLY	A	A	4 - 29	4 - 29
2	1	GLN	GLN	GLY	GLY	B	B	4 - 29	4 - 29
3	1	GLN	GLN	GLY	GLY	C	C	4 - 29	4 - 29
1	2	ALA	ALA	ALA	ALA	A	A	39 - 72	39 - 72
2	2	ALA	ALA	ALA	ALA	B	B	39 - 72	39 - 72
3	2	ALA	ALA	ALA	ALA	C	C	39 - 72	39 - 72
1	3	VAL	VAL	PRO	PRO	A	A	74 - 81	74 - 81
2	3	VAL	VAL	PRO	PRO	B	B	74 - 81	74 - 81
3	3	VAL	VAL	PRO	PRO	C	C	74 - 81	74 - 81
1	4	PRO	PRO	GLU	GLU	A	A	83 - 107	83 - 107
2	4	PRO	PRO	GLU	GLU	B	B	83 - 107	83 - 107
3	4	PRO	PRO	GLU	GLU	C	C	83 - 107	83 - 107
1	5	ILE	ILE	ILE	ILE	A	A	31 - 37	31 - 37
2	5	ILE	ILE	ILE	ILE	B	B	31 - 37	31 - 37
3	5	ILE	ILE	ILE	ILE	C	C	31 - 37	31 - 37

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5

詳細

The biological assembly is generated by the two-fold axis: 1-x,-y,z

#1: タンパク質	Carbon dioxide concentrating mechanism protein ccmK homolog 4 / ccmK4 分子量: 13454.331 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: ccmK4 / プラスミド: pET22B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold DE3 / 参照: UniProt: P73407
#2: 化合物	ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム / アンモニウム分子量: 18.038 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₄N
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M sodium citrate, pH 4.6, 30% PEG 4000, 0.2M ammonium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.95373 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月11日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.28→90 Å / Num. all: 13846 / Num. obs: 13846 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.6 % / B_iso Wilson estimate: 42.5 Å² / R_sym value: 0.113 / Net I/σ(I): 23.2
反射シェル	解像度: 2.28→2.36 Å / 冗長度: 13.9 % / Mean I/σ(I) obs: 8.7 / Num. unique all: 1346 / R_sym value: 0.373 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	software	データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2A10

2a10

解像度: 2.28→62.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 13.331 / SU ML: 0.163 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.395 / ESU R Free: 0.222 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22236	686	5 %	RANDOM
R_work	0.20262	-	-	-
all	0.20364	13071	-	-
obs	0.20364	13071	99.81 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.61 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.78 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.28→62.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2325	0	3	80	2408

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	2367
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.006	1.958	3222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.292	5	309
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.437	23.438	96
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.374	15	375
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.779	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	381
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1797
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.19	0.2	1109
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.291	0.2	1689
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.103	0.2	132
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.158	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.12	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.635	1.5	1597
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.129	2	2505
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.161	3	858
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.019	4.5	717

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	172	tight positional	0.01	0.05
1	2	B	172	tight positional	0.02	0.05
1	3	C	172	tight positional	0.01	0.05
2	1	A	244	tight positional	0.01	0.05
2	2	B	244	tight positional	0.01	0.05
2	3	C	244	tight positional	0.01	0.05
3	1	A	67	tight positional	0.01	0.05
3	2	B	67	tight positional	0.01	0.05
3	3	C	67	tight positional	0.01	0.05
4	1	A	198	tight positional	0.01	0.05
4	2	B	198	tight positional	0.01	0.05
4	3	C	198	tight positional	0.01	0.05
5	1	A	54	tight positional	0.01	0.05
5	2	B	54	tight positional	0.01	0.05
5	3	C	54	tight positional	0.01	0.05
1	1	A	172	tight thermal	0.03	0.5
1	2	B	172	tight thermal	0.03	0.5
1	3	C	172	tight thermal	0.03	0.5
2	1	A	244	tight thermal	0.03	0.5
2	2	B	244	tight thermal	0.03	0.5
2	3	C	244	tight thermal	0.03	0.5
3	1	A	67	tight thermal	0.02	0.5
3	2	B	67	tight thermal	0.02	0.5
3	3	C	67	tight thermal	0.02	0.5
4	1	A	198	tight thermal	0.02	0.5
4	2	B	198	tight thermal	0.02	0.5
4	3	C	198	tight thermal	0.02	0.5
5	1	A	54	tight thermal	0.03	0.5
5	2	B	54	tight thermal	0.03	0.5
5	3	C	54	tight thermal	0.03	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.28→2.339 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.265	57	-
R_work	0.234	935	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9337	1.4596	-0.7592	2.85	-0.9892	1.8271	0.0031	-0.0624	0.0959	0.1783	-0.098	0.025	-0.2089	-0.0771	0.0949	-0.0826	0.0401	-0.0268	-0.0507	-0.0778	-0.0869	16.4848	12.5386	15.5039
2	1.9296	-1.3908	0.4411	4.067	-0.796	2.2511	-0.0972	-0.09	-0.0638	0.1536	-0.0673	0.1436	0.1044	-0.231	0.1644	-0.1024	-0.0726	0.0523	-0.017	-0.0837	-0.0603	14.9823	-9.9831	15.5258
3	4.3042	-0.4545	-0.9752	1.8517	-0.0329	1.7798	-0.0186	-0.1783	0.1393	0.0892	-0.089	-0.065	-0.1683	0.1124	0.1075	-0.0091	-0.0373	-0.091	-0.0944	-0.0152	-0.0758	36.7655	22.4717	15.54

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 107	4 - 107
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	4 - 107	4 - 107
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	4 - 107	4 - 107

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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