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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zzd | ||||||
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タイトル | Structures of Yeast Ribonucleotide Reductase I | ||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Eukaryotic (真核生物) / Ribonucleotide Reductase (リボヌクレオシド二リン酸レダクターゼ) / dNTP Regulation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / ribonucleoside-diphosphate reductase complex / リボヌクレオシド二リン酸レダクターゼ / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / DNA複製 / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / ATP binding / identical protein binding ...Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / ribonucleoside-diphosphate reductase complex / リボヌクレオシド二リン酸レダクターゼ / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / DNA複製 / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Xu, H. / Faber, C. / Uchiki, T. / Fairman, J.W. / Racca, J. / Dealwis, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006 タイトル: Structures of eukaryotic ribonucleotide reductase I provide insights into dNTP regulation 著者: Xu, H. / Faber, C. / Uchiki, T. / Fairman, J.W. / Racca, J. / Dealwis, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1zzd.cif.gz | 144.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1zzd.ent.gz | 110.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1zzd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/1zzd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/1zzd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The second part of the active biological dimer assembly is generated by the two fold axis: -x, -y+1, z. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 99672.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RNR1 / プラスミド: pWJ751-3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P21524, リボヌクレオシド二リン酸レダクターゼ |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1143.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: Chemically synthesized, this sequene occurs naturally in yeast. 参照: UniProt: P49723, リボヌクレオシド二リン酸レダクターゼ |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.3 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5 詳細: PEG 3350, sodium acetate, ammonium sulfate, pH 6.5, EVAPORATION, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年3月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 26145 / Num. obs: 26145 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 7.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.736 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 2587 / Rsym value: 0.736 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: native structure 解像度: 2.6→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 10.671 / SU ML: 0.227 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.788 / ESU R Free: 0.331 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.663 Å / Total num. of bins used: 20
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