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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zz6 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Apo-HppE | ||||||
要素 | Hydroxypropylphosphonic Acid Epoxidase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Mononuclear Iron Enzyme / Apoprotein (酵素) / Cupin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 (S)-2-hydroxypropylphosphonic acid epoxidase / phosphinothricin biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with oxidation of a pair of donors resulting in the reduction of molecular oxygen to two molecules of water / dioxygenase activity / antibiotic biosynthetic process / ferrous iron binding / protein homotetramerization / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces wedmorensis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Higgins, L.J. / Yan, F. / Liu, P. / Liu, H.W. / Drennan, C.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2005 タイトル: Structural insight into antibiotic fosfomycin biosynthesis by a mononuclear iron enzyme 著者: Higgins, L.J. / Yan, F. / Liu, P. / Liu, H.W. / Drennan, C.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1zz6.cif.gz | 83.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1zz6.ent.gz | 62.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1zz6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/1zz6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/1zz6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21361.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces wedmorensis (バクテリア) 遺伝子: fom4 / プラスミド: pET24b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) 参照: UniProt: Q56185, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.4 % |
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: 1.9M Sodium Malonate, pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 8-BM / 波長: 0.9791 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 40511 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 19.9 Å2 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 19.3 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Rsym value: 0.293 / % possible all: 91.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1ZZC 解像度: 2→49.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1132017.32 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 55.45 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→49.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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