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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zym | ||||||
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タイトル | AMINO TERMINAL DOMAIN OF ENZYME I FROM ESCHERICHIA COLI | ||||||
要素 | ENZYME I酵素 | ||||||
キーワード | PHOSPHOTRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase / phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase activity / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / kinase activity / リン酸化 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Liao, D.-I. / Davies, D.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1996 タイトル: The first step in sugar transport: crystal structure of the amino terminal domain of enzyme I of the E. coli PEP: sugar phosphotransferase system and a model of the phosphotransfer complex with HPr. 著者: Liao, D.I. / Silverton, E. / Seok, Y.J. / Lee, B.R. / Peterkofsky, A. / Davies, D.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1zym.cif.gz | 104.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1zym.ent.gz | 82.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1zym.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/1zym ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/1zym | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.999764, -0.01896, 0.010626), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28224.121 Da / 分子数: 2 / 断片: AMINO-TERMINAL DOMAIN RESIDUES 1 - 258 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: GI698 / プラスミド: PLP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P08839, phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年11月3日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 20342 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.097 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.55 Å / % possible all: 66 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 128042 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 66 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→10 Å / σ(F): 3
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Rms dev position: 0.51 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.56 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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