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- PDB-1zm7: Crystal structure of D. melanogaster deoxyribonucleoside kinase m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zm7
タイトルCrystal structure of D. melanogaster deoxyribonucleoside kinase mutant N64D in complex with dTTP
要素Deoxynucleoside kinaseデオキシヌクレオシドキナーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Drosohila melanogaster / dnk / N64D / mutant (ミュータント (人類))
機能・相同性
機能・相同性情報


デオキシヌクレオシドキナーゼ / Pyrimidine salvage / deoxynucleoside kinase activity / nucleoside salvage / uridine kinase activity / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / thymidine kinase activity / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity ...デオキシヌクレオシドキナーゼ / Pyrimidine salvage / deoxynucleoside kinase activity / nucleoside salvage / uridine kinase activity / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / thymidine kinase activity / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / cytidine kinase activity / DNA biosynthetic process / kinase activity / リン酸化 / ミトコンドリア / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
デオキシヌクレオシドキナーゼ / Deoxynucleoside kinase domain / デオキシヌクレオシドキナーゼ / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / デオキシヌクレオシドキナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Welin, M. / Skovgaard, T. / Knecht, W. / Berenstein, D. / Munch-Petersen, B. / Piskur, J. / Eklund, H.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2005
タイトル: Structural basis for the changed substrate specificity of Drosophila melanogaster deoxyribonucleoside kinase mutant N64D.
著者: Welin, M. / Skovgaard, T. / Knecht, W. / Zhu, C. / Berenstein, D. / Munch-Petersen, B. / Piskur, J. / Eklund, H.
履歴
登録2005年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxynucleoside kinase
B: Deoxynucleoside kinase
C: Deoxynucleoside kinase
D: Deoxynucleoside kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,5849
ポリマ－107,6314
非ポリマー1,9535
水3,495194
1
A: Deoxynucleoside kinase
B: Deoxynucleoside kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7804
ポリマ－53,8152
非ポリマー9642
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4430 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area17310 Å2
手法PISA
2
C: Deoxynucleoside kinase
D: Deoxynucleoside kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8045
ポリマ－53,8152
非ポリマー9893
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4540 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area17320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.040, 119.270, 68.388
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.59, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51A
61B
71C
81D
91A
101B
111C
121D
131A
141B
151C
161D
171A
181B
191C
201D
211A
221B
231C
241D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRTHRTHR1AA12 - 5112 - 51
21THRTHRTHRTHR1BB12 - 5112 - 51
31THRTHRTHRTHR1CC12 - 5112 - 51
41THRTHRTHRTHR1DD12 - 5112 - 51
52PROPROTYRTYR1AA53 - 16153 - 161
62PROPROTYRTYR1BB53 - 16153 - 161
72PROPROTYRTYR1CC53 - 16153 - 161
82PROPROTYRTYR1DD53 - 16153 - 161
93ARGARGILEILE1AA163 - 164163 - 164
103ARGARGILEILE1BB163 - 164163 - 164
113ARGARGILEILE1CC163 - 164163 - 164
123ARGARGILEILE1DD163 - 164163 - 164
134ARGARGLEULEU1AA167 - 191167 - 191
144ARGARGLEULEU1BB167 - 191167 - 191
154ARGARGLEULEU1CC167 - 191167 - 191
164ARGARGLEULEU1DD167 - 191167 - 191
175ILEILECYSCYS2AA192 - 200192 - 200
185ILEILECYSCYS2BB192 - 200192 - 200
195ILEILECYSCYS2CC192 - 200192 - 200
205ILEILECYSCYS2DD192 - 200192 - 200
216LYSLYSASPASP1AA201 - 208201 - 208
226LYSLYSASPASP1BB201 - 208201 - 208
236LYSLYSASPASP1CC201 - 208201 - 208
246LYSLYSASPASP1DD201 - 208201 - 208

-
要素

#1: タンパク質
Deoxynucleoside kinase / デオキシヌクレオシドキナーゼ / Deoxyribonucleoside kinase / Dm-dNK / Multispecific deoxynucleoside kinase


分子量: 26907.691 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 1-230 / 変異: N64D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: dnk / プラスミド: pGEX-2T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q9XZT6, デオキシヌクレオシドキナーゼ
#2: 化合物
ChemComp-TTP / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dTTP / チミジン三リン酸


分子量: 482.168 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N2O14P3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.6 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MES, lithium sulphate, mPEG 2000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月14日
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→44.72 Å / Num. obs: 65654 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1OE0

1oe0


解像度: 2.2→44.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 5.141 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.254 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23695 2763 5.1 %RANDOM
Rwork0.21202 ---
obs0.21329 51654 99.94 %-
all-65654 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.736 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å20 Å20.54 Å2
2---2.4 Å20 Å2
3---2.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→44.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6576 0 117 194 6887
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0216848
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2741.9729282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4225786
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2996
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025092
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.22898
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.2303
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1540.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2470.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1850.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8311.53950
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.63926424
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.45432898
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1514.52858
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1561tight positional00.01
2B1561tight positional00.01
3C1561tight positional00.01
4D1561tight positional00.01
1A41medium positional0.790.5
2B41medium positional0.540.5
3C41medium positional0.630.5
4D41medium positional0.660.5
1A1561tight thermal0.130.5
2B1561tight thermal0.130.5
3C1561tight thermal0.140.5
4D1561tight thermal0.140.5
1A41medium thermal0.392
2B41medium thermal0.512
3C41medium thermal0.592
4D41medium thermal0.412
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.265 207
Rwork0.249 3768

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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