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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zdk | |||||||||
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タイトル | STRUCTURE OF BACTERIOPHAGE COAT PROTEIN-LOOP RNA COMPLEX | |||||||||
要素 |
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キーワード | Virus/RNA / COMPLEX (COAT PROTEIN-RNA) / COAT PROTEIN / RNA-BINDING / VIRAL PROTEIN CAPSID (ウイルス性) / RNA FRAGMENT / Icosahedral virus / Virus-RNA COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of viral translation / T=3 icosahedral viral capsid / regulation of translation / structural molecule activity / RNA binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Enterobacterio phage MS2 (ファージ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.86 Å | |||||||||
データ登録者 | Grahn, E. / Stonehouse, N.J. / Valegard, K. / Vandenworm, S. / Liljas, L. | |||||||||
引用 | ジャーナル: RNA / 年: 1999 タイトル: Crystallographic studies of RNA hairpins in complexes with recombinant MS2 capsids: implications for binding requirements. 著者: Grahn, E. / Stonehouse, N.J. / Murray, J.B. / van den Worm, S. / Valegard, K. / Fridborg, K. / Stockley, P.G. / Liljas, L. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1994 タイトル: Crystal Structure of an RNA Bacteriophage Coat Protein-Operator Complex 著者: Valegard, K. / Murray, J.B. / Stockley, P.G. / Stonehouse, N.J. / Liljas, L. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: The Refined Structure of Bacteriophage MS2 at 2.8 A Resolution 著者: Golmohammadi, R. / Valegard, K. / Fridborg, K. / Liljas, L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1zdk.cif.gz | 111 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1zdk.ent.gz | 83.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1zdk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/1zdk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/1zdk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60|||||||||||||||||||||||||||||||||
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3 |
| x 5|||||||||||||||||||||||||||||||||
4 |
| x 6|||||||||||||||||||||||||||||||||
5 |
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6 |
| x 10|||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
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対称性 | 点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 6061.673 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: NON-BIOLOGICAL SEQUENCE #2: タンパク質 | 分子量: 13738.464 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacterio phage MS2 (ファージ) 属: LevivirusEmesvirus / 生物種: Enterobacteria phage MS2Bacteriophage MS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03612 #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE RNA MOLECULE IS NUMBERED FROM 1 - 23 IN THE ENTRY. IN PUBLICATIONS, THE NUMBERING IS RELATED TO ...THE RNA MOLECULE IS NUMBERED FROM 1 - 23 IN THE ENTRY. IN PUBLICATIO | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4 |
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-試料調製
結晶化 | pH: 7.4 / 詳細: pH 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 37 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Valegard, K., (1986) J. Mol. Biol., 190, 587. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 280 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID2 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年12月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→25 Å / Num. obs: 149789 / % possible obs: 47.4 % / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.13 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 1.07 % / Rmerge(I) obs: 0.247 / % possible all: 6.5 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.13 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.86→10 Å / σ(F): 2 / 詳細: PARKINSON ET AL. FOR RNA /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.86→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 最高解像度: 2.86 Å / Rfactor Rwork: 0.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.207 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 21.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 1.8 |