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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1z9l | ||||||
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タイトル | 1.7 Angstrom Crystal Structure of the Rat VAP-A MSP Homology Domain | ||||||
要素 | Vesicle-associated membrane protein-associated protein A | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / VAP-A / Cytoplasmic domain (細胞質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 FFAT motif binding / endoplasmic reticulum-plasma membrane tethering / ceramide transport / sphingomyelin biosynthetic process / sterol transport / positive regulation by host of viral genome replication / COPII-coated vesicle budding / negative regulation by host of viral genome replication / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / protein localization to endoplasmic reticulum ...FFAT motif binding / endoplasmic reticulum-plasma membrane tethering / ceramide transport / sphingomyelin biosynthetic process / sterol transport / positive regulation by host of viral genome replication / COPII-coated vesicle budding / negative regulation by host of viral genome replication / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / protein localization to endoplasmic reticulum / phospholipid transport / cholesterol transport / Neutrophil degranulation / viral release from host cell / bicellular tight junction / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / neuron projection development / microtubule cytoskeleton / microtubule binding / 核膜 / vesicle / protein heterodimerization activity / protein domain specific binding / ゴルジ体 / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 / protein homodimerization activity / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Kaiser, S.E. / Brickner, J.H. / Reilein, A.R. / Fenn, T.D. / Walter, P. / Brunger, A.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2005 タイトル: Structural basis of FFAT motif-mediated ER targeting 著者: Kaiser, S.E. / Brickner, J.H. / Reilein, A.R. / Fenn, T.D. / Walter, P. / Brunger, A.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1z9l.cif.gz | 38.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1z9l.ent.gz | 29.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1z9l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/1z9l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/1z9l | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14827.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Vapa, Vap33 / プラスミド: pGEX-4T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9Z270 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % |
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結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG2000 MME, NaCl, tris buffer, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9795, 0.9793, 0.9649 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月6日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 27524 / Num. obs: 27860 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 8 / Observed criterion σ(I): 8 / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.79 Å / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→13.58 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 824290.49 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.178 Å2 / ksol: 0.365461 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→13.58 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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