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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1z72 | ||||||
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タイトル | Structure of a putative transcriptional regulator from Streptococcus pneumoniae | ||||||
要素 | transcriptional regulator, putativeTranscriptional regulation | ||||||
キーワード | Transcription Regulator / Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) / transcriptional regulator / structural genomics (構造ゲノミクス) / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 aminopyrimidine aminohydrolase / thiaminase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å | ||||||
データ登録者 | Cuff, M.E. / Zhou, M. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structure of a putative transcriptional regulator from Streptococcus pneumoniae 著者: Cuff, M.E. / Zhou, M. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE According to author, the biological unit has not been experimentally identified, but ...BIOMOLECULE According to author, the biological unit has not been experimentally identified, but the two molecules in the asymmetric unit share both hydrophobic and hydrophilic contacts. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1z72.cif.gz | 119.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1z72.ent.gz | 98.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1z72.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/1z72 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/1z72 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | unknown, possible dimer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26101.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 株: TIGR4 / 遺伝子: SP0716 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q97RS7, UniProt: A0A0H2UP67*PLUS #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.4 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Tacsimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 105 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97908, 0.97919 | |||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月7日 | |||||||||
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.45→50 Å / Num. all: 116194 / Num. obs: 116194 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.51 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 91.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.45→43.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 1.429 / SU ML: 0.028 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.051 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The loop region between residues 193 and 198 of molecule A and B is disordered. Whereas the location of ARG 195 is clear in electron density ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The loop region between residues 193 and 198 of molecule A and B is disordered. Whereas the location of ARG 195 is clear in electron density maps, the positions of residues 194, 196, and 197 are not.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.868 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→43.1 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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