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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1z08 | ||||||
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タイトル | GppNHp-Bound Rab21 Q53G mutant GTPase | ||||||
![]() | Ras-related protein Rab-21 | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() cytoplasmic side of early endosome membrane / Rab protein signal transduction / positive regulation of early endosome to late endosome transport / RAB geranylgeranylation / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Eathiraj, S. / Pan, X. / Ritacco, C. / Lambright, D.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis of family-wide Rab GTPase recognition by rabenosyn-5. 著者: Eathiraj, S. / Pan, X. / Ritacco, C. / Lambright, D.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 167.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 128.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1yu9C ![]() 1yvdC ![]() 1yzkC ![]() 1yzlC ![]() 1yzmC ![]() 1yznC ![]() 1yzqC ![]() 1yztC ![]() 1yzuC ![]() 1z06C ![]() 1z07C ![]() 1z0aC ![]() 1z0dC ![]() 1z0fC ![]() 1z0iC ![]() 1z0jC ![]() 1z0kC ![]() 1z22C ![]() 1z2aC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19264.133 Da / 分子数: 4 / 断片: GTPase domain / 変異: Q53G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-GNP / ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.51 % |
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結晶化![]() | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% PEG 4000, 200mM Magnesium acetate, 50mM HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年12月31日 / 詳細: Osmic mirror |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 68656 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 26.5 Å2 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 14.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 5610 / Rsym value: 0.311 / % possible all: 97.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: Polyalanine Rab3A GTPase 解像度: 1.8→8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 2.446 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.077 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.796→1.84 Å / Total num. of bins used: 20
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