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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yzn | ||||||
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タイトル | GppNHp-Bound Ypt1p GTPase | ||||||
要素 | GTP-binding protein YPT1 | ||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / Rab GTPase / Ypt1p GTPase / vesicular trafficking | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pre-mRNA catabolic process / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / Golgi vesicle docking / regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / Golgi vesicle budding / RAB geranylgeranylation / SNARE complex disassembly / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / early endosome to Golgi transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic ...pre-mRNA catabolic process / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / Golgi vesicle docking / regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / Golgi vesicle budding / RAB geranylgeranylation / SNARE complex disassembly / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / early endosome to Golgi transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / COPII-mediated vesicle transport / COPII-coated vesicle budding / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / ゴルジ体 / cis-Golgi network / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / endocytic recycling / phagophore assembly site / reticulophagy / SNARE complex assembly / autophagosome assembly / 細胞内膜系 / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / SNARE binding / オートファジー / intracellular protein transport / cytoplasmic vesicle / ゴルジ体 / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / ミトコンドリア / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å | ||||||
データ登録者 | Eathiraj, S. / Pan, X. / Ritacco, C. / Lambright, D.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2005 タイトル: Structural basis of family-wide Rab GTPase recognition by rabenosyn-5. 著者: Eathiraj, S. / Pan, X. / Ritacco, C. / Lambright, D.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1yzn.cif.gz | 53.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1yzn.ent.gz | 37 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1yzn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/1yzn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/1yzn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1yu9C 1yvdC 1yzkC 1yzlC 1yzmC 1yzqC 1yztC 1yzuC 1z06C 1z07C 1z08C 1z0aC 1z0dC 1z0fC 1z0iC 1z0jC 1z0kC 1z22C 1z2aC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21066.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: YPT1, YP2 / プラスミド: modified pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Codon Plus-RIL cells / 参照: UniProt: P01123 |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-GNP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.43 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 30% MPD, 10% Glycerol, 100mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年7月1日 / 詳細: osmic mirror |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.06→50 Å / Num. all: 10706 / Num. obs: 10705 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 34.6 Å2 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 18.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.06→2.12 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 880 / Rsym value: 0.293 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Polyalanine Rab3A GTPase 解像度: 2.06→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 5.236 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.262 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.148 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.06→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.06→2.112 Å / Total num. of bins used: 20
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