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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yzl | ||||||
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タイトル | GppNHp-Bound Rab9 GTPase | ||||||
要素 | Ras-related protein Rab-9A | ||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / Rab GTPase / Rab9 / vesicular trafficking | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation by host of symbiont catalytic activity / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / Rab protein signal transduction / retrograde transport, endosome to Golgi / positive regulation of exocytosis / phagocytic vesicle / cytoplasmic vesicle membrane ...RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation by host of symbiont catalytic activity / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / Rab protein signal transduction / retrograde transport, endosome to Golgi / positive regulation of exocytosis / phagocytic vesicle / cytoplasmic vesicle membrane / phagocytic vesicle membrane / GDP binding / regulation of protein localization / メラノソーム / protein transport / late endosome / リソソーム / ゴルジ体 / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Eathiraj, S. / Pan, X. / Ritacco, C. / Lambright, D.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2005 タイトル: Structural basis of family-wide Rab GTPase recognition by rabenosyn-5. 著者: Eathiraj, S. / Pan, X. / Ritacco, C. / Lambright, D.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1yzl.cif.gz | 56.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1yzl.ent.gz | 38.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1yzl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/1yzl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/1yzl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1yu9C 1yvdC 1yzkC 1yzmC 1yznC 1yzqC 1yztC 1yzuC 1z06C 1z07C 1z08C 1z0aC 1z0dC 1z0fC 1z0iC 1z0jC 1z0kC 1z22C 1z2aC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20221.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rab9a, Rab9, Sid99 / プラスミド: pGEX6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Codon Plus-RIL Cells / 参照: UniProt: Q9R0M6 |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-GNP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.61 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20% PEG 6000, 200mM Magnesium Chloride, 50mM MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年8月21日 / 詳細: osmic mirror |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 19409 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 32.8 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 26.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 19418 / Rsym value: 0.394 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Polyalanine Rab4 GTPase 解像度: 1.85→4.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 2.596 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.02 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→4.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.854→1.895 Å / Total num. of bins used: 20
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