+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yu9 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | GppNHp-Bound Rab4A | ||||||
要素 | GTP-binding proteinGタンパク質 | ||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / Rab GTPase / Rab4 / vesicular trafficking | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Rab protein signal transduction / postsynaptic recycling endosome / insulin-responsive compartment / RAB geranylgeranylation / MET receptor recycling / TBC/RABGAPs / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / regulation of endocytosis / antigen processing and presentation / vesicle-mediated transport ...Rab protein signal transduction / postsynaptic recycling endosome / insulin-responsive compartment / RAB geranylgeranylation / MET receptor recycling / TBC/RABGAPs / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / regulation of endocytosis / antigen processing and presentation / vesicle-mediated transport / 低分子量GTPアーゼ / G protein activity / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / cytoplasmic vesicle membrane / recycling endosome membrane / GDP binding / protein transport / early endosome membrane / vesicle / GTPase activity / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / extracellular exosome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å | ||||||
データ登録者 | Eathiraj, S. / Pan, X. / Ritacco, C. / Lambright, D.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2005 タイトル: Structural basis of family-wide Rab GTPase recognition by rabenosyn-5. 著者: Eathiraj, S. / Pan, X. / Ritacco, C. / Lambright, D.G. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1yu9.cif.gz | 55.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1yu9.ent.gz | 38.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1yu9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/1yu9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/1yu9 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 1yvdC 1yzkC 1yzlC 1yzmC 1yznC 1yzqC 1yztC 1yzuC 1z06C 1z07C 1z08C 1z0aC 1z0dC 1z0fC 1z0iC 1z0jC 1z0kC 1z22C 1z2aC C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19674.312 Da / 分子数: 1 / 断片: GTPase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Rab4a / プラスミド: PGEX-6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Codon Plus-RIL cells / 参照: UniProt: P20338 | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-MG / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GNP / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: Ammonium sulfate, MES, Glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年11月23日 |
放射 | モノクロメーター: confocal blue optic device / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 13803 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 15.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.11 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 2011 / Rsym value: 0.282 / % possible all: 98.9 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Rab3a polyalanine 解像度: 2.07→7 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.527 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.07→7 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.067→2.116 Å
|