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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ynl | ||||||
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タイトル | Identification of Key residues of the NC6.8 Fab antibody fragment binding to synthetic sweeterners: Crystal structure of NC6.8 co-crystalized with high potency sweetener compound SC45647 | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Triethyl aminomethane sulfonyl acid / Sweetener compound / SC45647 and NC174 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain ...Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Gokulan, K. / Khare, S. / Ronning, D.R. / Linthicum, S.D. / Sacchettini, J.C. / Rupp, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005 タイトル: Cocrystal Structures of NC6.8 Fab Identify Key Interactions for High Potency Sweetener Recognition: Implications for the Design of Synthetic Sweeteners 著者: Gokulan, K. / Khare, S. / Ronning, D.R. / Linthicum, S.D. / Sacchettini, J.C. / Rupp, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ynl.cif.gz | 100.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ynl.ent.gz | 80.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ynl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/1ynl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/1ynl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 24123.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: A2P1G9*PLUS |
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#2: 抗体 | 分子量: 23373.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q6PJB2 |
#3: 化合物 | ChemComp-NES / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.31 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 9.2 詳細: 50 mM potassium hydrogen phosphate, 20% polyethylene glycol, pH 9.2, EVAPORATION, temperature 18K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年9月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→23.25 Å / Num. obs: 43252 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.75 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→23.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 2.127 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.689 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→23.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.702→1.746 Å / Total num. of bins used: 20
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