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- PDB-1yni: Crystal Structure of N-Succinylarginine Dihydrolase, AstB, bound ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yni
タイトルCrystal Structure of N-Succinylarginine Dihydrolase, AstB, bound to Substrate and Product, an Enzyme from the Arginine Catabolic Pathway of Escherichia coli
要素Succinylarginine Dihydrolase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Succinylarginine / Dihydrolase / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI / Structural Genomics (構造ゲノミクス)
機能・相同性
機能・相同性情報


N-succinylarginine dihydrolase / N-succinylarginine dihydrolase activity / arginine catabolic process to succinate / arginine catabolic process to glutamate / arginine catabolic process / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Succinylarginine dihydrolase / Succinylarginine dihydrolase / Succinylarginine dihydrolase superfamily / Succinylarginine dihydrolase / 5-stranded Propeller / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / N~2~-(3-CARBOXYPROPANOYL)-L-ARGININE / N-succinylarginine dihydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Tocilj, A. / Schrag, J.D. / Li, Y. / Schneider, B.L. / Reitzer, L. / Matte, A. / Cygler, M. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of N-succinylarginine dihydrolase AstB, bound to substrate and product, an enzyme from the arginine catabolic pathway of Escherichia coli.
著者: Tocilj, A. / Schrag, J.D. / Li, Y. / Schneider, B.L. / Reitzer, L. / Matte, A. / Cygler, M.
履歴
登録2005年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Succinylarginine Dihydrolase
B: Succinylarginine Dihydrolase
C: Succinylarginine Dihydrolase
D: Succinylarginine Dihydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,41212
ポリマ－202,1584
非ポリマー1,2538
水10,215567
1
A: Succinylarginine Dihydrolase
D: Succinylarginine Dihydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,7066
ポリマ－101,0792
非ポリマー6274
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area31470 Å2
手法PISA
2
B: Succinylarginine Dihydrolase
C: Succinylarginine Dihydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,7066
ポリマ－101,0792
非ポリマー6274
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area30870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.849, 166.902, 185.991
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Succinylarginine Dihydrolase / N-Succinylarginine Dihydrolase


分子量: 50539.504 Da / 分子数: 4 / 変異: C365S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pet15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P76216, 加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物
ChemComp-SUG / N~2~-(3-CARBOXYPROPANOYL)-L-ARGININE / N~2~-SUCCINYLARGININE / N2-スクシニル-L-アルギニン


分子量: 274.274 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18N4O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 567 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: PEG 10000, 0.1M cacodylate buffer, 0.2M calcium acetate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→47.74 Å / Num. all: 64862 / Observed criterion σ(F): 0 / Biso Wilson estimate: 11.8 Å2 / Limit h max: 23 / Limit h min: 0 / Limit k max: 63 / Limit k min: 0 / Limit l max: 79 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 3570691.94 / Observed criterion F min: 67.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YNF

1ynf


解像度: 2.2→47.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 3091 4.8 %RANDOM
Rwork0.219 ---
all-87734 --
obs-64847 73.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 39.4444 Å2 / ksol: 0.360987 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 66.05 Å2 / Biso mean: 22.85 Å2 / Biso min: 3.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.52 Å20 Å20 Å2
2--0.48 Å20 Å2
3---4.04 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.44 Å0.37 Å
Luzzati d res high-2.2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13716 0 80 567 14363
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg23.8
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.83
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.2-2.30.3691293.90.34631450.03210805327430.3
2.3-2.420.3391973.80.29150090.02410815520648.1
2.42-2.570.30827140.25865180.01910879678962.4
2.57-2.770.2944374.90.24784950.01410920893281.8
2.77-3.050.2754984.90.22296820.012109221018093.2
3.05-3.490.2935245.20.22996320.013109451015692.8
3.49-4.40.235305.20.18696270.01110671015791.8
4.4-47.740.2350550.18796480.01114631015388.6
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4cis_peptide.paramsuc.top
X-RAY DIFFRACTION5water.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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